Deze training is gericht op het vergroten van je informatievaardigheden in PubMed. PubMed is een gratis doorzoekbare database met referenties van ca 5600 internationale peer reviewed biomedische tijdschriften vanaf 1946 en wordt dagelijks bijgewerkt door de National Library of Medicine (NLM) in de VS. De training is gemaakt door Olga van Dijk, informatiespecialist bij de HanzeMediatheek en bedoeld voor studenten van de Gezondheidszorg en Verpleegkunde opleidingen van de Hanze. Specifieke voorkennis is niet nodig.
Je leert:
zoeken in de trefwoordenstructuur (MeSH);
zoeken met synoniemen in titel en abstract;
een zoekstring maken;
toepassen van filteropties
Zo werkt het: De training bestaat uit 5 modules. Iedere module bevat uitleg en soms korte video's. Je kan de modules van begin tot eind doorlopen of onafhankelijk van elkaar doen. Klik op de knop 'Volgende' rechts onderin dit scherm om te starten.
Tip! Gebruik altijd deze toegang tot PubMed of ga via library guides van de HanzeMediatheek.
De makers
Deze training is gemaakt door Olga van Dijk, informatiespecialist van de Hanzehogeschool Groningen. Daarbij is gebruik gemaakt van de training Zoeken in PubMed van de informatiespecialisten van Avans Hogeschool:https://maken.wikiwijs.nl/173124/PubMed_training__Avans_Hogeschool
De banners zijn gemaakt door Stefanie van Randwijk (NHLStenden) en aangepast aan de huisstijl van de Hanzehogeschool door Olga van Dijk.
1. Verzamel zoektermen
Analyseer de onderzoeksvraag. Het PICO model is hiervoor een handig hulpmiddel.
PubMed is een Amerikaanse database, je moet Engelse termen gebruiken om te zoeken. Vind je het lastig om geschikte (Engelse) zoektermen te bedenken? Maak dan gebruik van de volgende tips:
Tijdens de oriëntatiefase kom je vaak vakterminologie en Engelse termen tegen. Deze termen kun je noteren in een zoekschema.
PubMed heeft een lijst met gecontroleerde trefwoorden. Deze vind je in de MeSH database. MeSH staat voor Medical Subject Heading.
1.1 Zoek MeSH-termen
In PubMed kun je zoeken met MeSH-termenvia de MeSH Database. MeSH-termen (Medical Subject Headings) zijn gestandaardiseerde trefwoorden, die door indexeerders aan alle artikelen in PubMed worden toegekend.
Voordelen van zoeken met MeSH-termen:
MeSH-termen worden ook toegekend aan artikelen waarin deze term niet voorkomt maar het onderwerp wel behandelen.
MeSH-termen zoeken ook tegelijkertijd op synoniemen en spellingsvarianten, deze worden Entry terms genoemd.
MeSH vind ook artikelen die geen samenvatting hebben.
Het is dus verstandig om voor de verschillende elementen uit je PICO of onderzoeksvraag op zoek te gaan naar MeSH-termen omdat je daarmee meer referenties kunt vinden.
Voorbeeld:Het begrip kanker kan in de literatuur op verschillende manieren worden beschreven: cancer, cancers, tumor, tumour, neoplasms etc. Als je alleen op het woordcancer zou zoeken, zou je artikelen missen. Zoek je op de MeSH termneoplasms, dan vind je de artikelen over dit onderwerp ook al staat dat met andere woorden in de titel of abstract.
MeSH-database Je kunt de MeSH database vinden door op de homepagina van PubMed te klikken op MeSH database.
MeSH Do's en Don'ts Do: zoek de zoekterm op in de MeSH Database, en gebruik 'add to search builder' om de MeSH-term te kopiëren naar de search builder.
Don't:Simpelweg [Mesh] typen achter een zoekterm. Het kan zijn dat je dan geen officiële MeSH term gebruikt en een heel ander resultaat krijgt.
Voorbeeld In deze training zullen we gebruik maken van de volgende onderzoeksvraag:
Wat is de invloed van inname van voedingsvezels op obstipatie bij volwassenen?
Voor deze onderzoeksvraag gaan we op zoek naar relevante MeSH-termen voor de elementen obstipatie en voedingsvezels. We beginnen met de MeSH-term voor obstipatie. In het Engels is dat constipation. Let op!Zorg dat je in de MeSH databank zit. Als bij de rode pijl PubMed staat kun je het menu openklappen en MeSH selecteren.
Zoeken met de MeSH term doe je door:
te klikken op "Add to search builder"
vervolgens klik je op de knop eronder "Search PubMed". Pas na deze stap voert de database jouw zoekopdracht uit.
1.2 MeSH-termen: kennisclip
Waar vind ik de MeSH database?
De clip wordt zonder geluid weergegeven.
1.3 MeSH-termen: oefening
Oefening: MeSH termen
0%
In deze oefening ga je zoeken naar MeSH termen in de MeSH databank. Voor het beantwoorden van de vragen moet je in de MeSH databank op zoek gaan naar de juiste MeSH-termen.
Naast MeSH-termen zoek je ook altijd op vrije tekst termen, ook wel synoniemengenoemd. Op deze manier vind je ook de recente artikelen die nog geen MeSH term hebben gekregen. Er zit namelijk een vertraging van ongeveer 6 maanden op het toekennen van MeSH-termen aan artikelen door indexeerders. Je vergroot hiermee het zoekresultaat. Synoniemen kun je zelf bedenken, maar je kunt ook gebruik maken van de MeSH database. Op de pagina van een MeSH-term staan onder het kopje Entry termsde synoniemen genoemd van deze MeSH term. Je kunt deze nog uitbreiden met zelf bedachte synoniemen.
De MeSH-term voor obstipatie is Constipation[Mesh] en op deze pagina zie je onder het kopje Entry terms twee synoniemen staan voor constipation:
MeSH pagina van constipation. Bij de rode pijl staan de synoniemen onder het kopje 'Entry Terms'.
Let op!Sommige MeSH termen en Entry termen bestaan uit 2 delen met een komma tussen de 2 woorden. Wil je met die term zoeken, schrijf het dan uit zoals je het zelf in een zin zou gebruiken. Voorbeeld: de MeSH term Microtrauma, physicalverander je in physical microtrauma om mee te zoeken in titel en abstract van een referentie.
1.5 Synoniemen: oefening
Toets: Synoniemen
0%
De MeSH database kun je ook gebruiken om synoniemen te verzamelen om mee te zoeken in titel en abstract.
De onderstaande antwoorden moet je zelf nakijken; vergelijk jouw antwoorden met de goede
antwoorden, en geef aan in welke mate jouw antwoorden correct zijn.
Het is niet handig om alle mogelijke zoektermen lukraak in te typen in PubMed, dan krijg je referenties waar je niet veel aan hebt. Om specifieke en gerichte informatie over je onderwerp terug te vinden, moet je zoektermen met elkaar combineren.
Er zijn verschillende technieken om dit te doen:
Booleaanse operatoren
Trunceren
Exacte woordcombinatie
2.1 Zoeken met Booleaanse operatoren (AND, OR, NOT)
AND
AND betekent dat alle zoekwoorden tegelijk in het zoekresultaat moeten voorkomen
De AND-relatie gebruik je om twee (of meer) verschillende onderwerpen aan elkaar te linken
Het zoekresultaat wordt beperkt, dus kleiner ten opzichte van het zoeken met één woord
Voorbeeld:je bent op zoek naar informatie over de relatie tussen voedingsvezels en obstipatie. Zoektermen en relatie: constipation AND dietary fibers
OR
OR betekent dat ten minste één van de zoekwoorden voorkomt in het zoekresultaat
de OR-relatie gebruik je bij synoniemen, meervoud/enkelvoud, verschillende spellingsvarianten
OR gebruik je als het over hetzelfde onderwerp gaat
Het zoekresultaat wordt vergroot, uitgebreid ten opzichte van het zoeken met één woord
Voorbeeld: je wilt ook zoeken op de synoniemen van constipation. Zoektermen en relatie: constipation OR dyschezia
NOT
De NOT operator gebruiken we liever niet bij het zoeken. Je sluit meer uit dan je in de gaten hebt. Voorbeeld: wanneer je alleen literatuur over volwassenen wilt zien en je gebruikt NOT children, verwijder je daarmee ook de referenties die over kinderen en volwassen tegelijkertijd gaan. Er zijn wel filters mogelijk om dit te omzeilen, deze kun je opvragen bij de informatiespecialist van de mediatheek.
Tips!
Type AND/OR met hoofdletters.
Combineer je meerdere Booleaanse operatoren, zet de OR-termen dan tussen ronde haakjes. Voorbeeld: (Constipation OR dyschezia) AND dietary fibers. Zonder haakjes werkt het AND commando alléén voor dyschezia AND dietary fibers en wordt er daarnaast nog gezocht naar alle referenties over constipation, zonder relatie met dietary fibers.
2.2 Hoe werkt trunceren?
Trunceren is het vervangen van een stukje van een woord door een * (wildcard).
Als je een * achter een (gedeelte van een) woord typt, zoek je op wat je hebt ingetypt én alles wat er achter kan staan. Voorbeeld:prevent* zoekt opprevent, prevented enpreventionetc.
Op deze manier kun je handig enkelvoud en meervoud tegelijk doorzoeken Voorbeeld:Dietary fiber*zoekt opDietary fiber enDietary fibers
Tip! Het is de kunst om niet té vroeg of té laat te trunkeren in een woord.
Zoek je naar informatie over "pollution" typ dan pollut* en niet poll*.
Let op! In PubMed kun je truncatie toepassen na de eerste 4 letters van een woord.
2.3 Zoeken op Exacte woordcombinatie
Wil je alleen zoekresultaten vinden waarin je ingegeven zoektermenin exact dezelfde volgordevoorkomen, zet deze zoektermen dan tussen dubbele aanhalingstekens.
Dit is handig bij begrippen die uit meerdere woorden bestaan, bv. “dietary fiber” Zet je dit begrip niet tussen aanhalingstekens dan vind je ook zoekresultaten die over een ander onderwerp gaan en waarbij de woorden dietary en fiberergens in de tekst voorkomen.
Meer voorbeelden: "diabetes mellitus”, "food safety", "job satisfaction", "heart failure".
Een exacte woordcombinatie is eigenlijk een strenge versie van de Booleaanse AND-operator. De zoektermen moeten naast elkaar staan. Een ander verschil is dat de volgorde van de zoektermen niet willekeurig is, maar door jou wordt vastgelegd.
2.4 Hoe krijg ik meer/minder zoekresultaten?
Niemand is bereid om honderden zoekresultaten allemaal afzonderlijk te beoordelen op hun relevantie. Het is beter om zo te zoeken dat je zoekresultaten hanteerbaar blijven, zonder relevante zoekresultaten overboord te gooien.
Wat kun je doen als je veel te veel zoekresultaten krijgt?
Kijk welke (betere?) Mesh-termen er zijn gebruikt in een revelant artikel
Combineer belangrijke zoektermen met de Booleaanse AND-operator
Wees kritisch op het gebruik van de OR-operator
Trunceer zo laat mogelijk in een woord; truncat*
Gebruik een filter voor RCT (randomized controlled trial) of SR (systematic review) om af te bakenen op het hoogste level of evidence. Voeg Therapy/Narrow[filter] of systematic[sb]toe aan jouw zoekopdracht met een AND relatie. Voorbeeld: "Dietary Fiber"[Mesh] OR dietary fiber*[tiab] OR Wheat Bran*[tiab] OR Roughage*[tiab] AND Therapy/Narrow[filter] geeft alle rct's over dit ondewerp.
Het is frustrerend om geen zoekresultaten te krijgen. Wat kun je doen als je weinig of geen zoekresultaten krijgt?
Combineer synoniemen en vertalingen met de OR-operator
Gebruik minder of bredere zoektermen, kijk in de MesH hiërarchie naar hogere termen
Zoek niet met de outcome van jouw PICO, maar probeer alleen de P en I
Heb je gezocht op [Mesh] OR [tiab]?
Sneeuwballen; bekijk de literatuurlijst van een relevant artikel om meer referenties te vinden en probeer daar weer geschikte MeSH-termen uit te halen.
Forward citation: bekijk welke artikelen een relevant artikel hebben gebruikt als bron.
Probeer via Google Scholar een relevant artikel te vinden en kijk welke (MeSH)termen daarin staan.
3. Zoekstring
3.1. Zoekstring vanuit de MeSH: een short-cut
Zoek in de MeSH database naar de juiste MeSH term en klik op de knop Add to search builder. Scroll naar beneden en kopieer de relevante synoniemen die onder de Entry terms staan vermeld, naar het PubMed Search builder zoekvenster. Zet tussen elke term OR en achter elke term de veldcode [tiab]. Hiermee geef je PubMed de opdracht om de termen op te zoeken in het titel of abstract. Maak als het kan gebruik van truncatie (*) achter het woord en voor de [tiab]. Gebruik de MeSH term ook voor een zoekactie in titel en abstract [tiab], dit is immers de officiële zoekterm!
Klik op de Search PubMed button. De database zoekt nu tegelijkertijd naar constipation[MeSH] en de synoniemen in titel en abstract. Alle zoekacties worden door de database in de Search History vastgelegd. Zo lang je de database niet af sluit, blijft het bewaard. Je kunt nu verder met de zoekactie voor het volgende element van de PICO of zoekvraag.
3.2 Kennisclip Zoeken met MeSH en in titel en abstract tegelijk
Zoeken met MeSH term en in titel en abstract tegelijk.
De clip wordt zonder geluid weergegeven.
3.3 Combineren van zoektermen in de Search History
Na de zoekactie met constipation, kun je verder met de dietary fibers. Ook hier start je vanuit de MeSH database en voeg je synoniemen voor het zoeken in titel en abstract toe aan de zoekstring. Klik op de knop Search PubMed, nu toont PubMed hoeveel referenties er zijn gevonden met jouw zoekstring. Klik op het woord Advanced onder de zoekbalk in PubMed om naar de Search History te gaan.
In de search history staan nu 2 zoeksets. Eentje over dieatary fibers en eentje over constipation.
Combineer nu via het menu Actions de 2 zoeksets om referenties te zoeken die over beide onderwerpen tegelijkertijd gaan. Dit kun je doen door op de ... te klikken en kies dan voor Add query. Bij de volgende zoekset kies je voor Add with And, omdat je de verschillende onderwerpen samen in een referentie wilt zien.
Voorbeeld
3.4 Kennisclip: Combineren van zoektermen in de Search History
Combineren van zoektermen in de Search history
De clip wordt zonder geluid weergegeven.
4 PubMed tips & tricks
4.1 Filters
Wanneer je te veel resultaten krijgt, kun je via filters je zoekactie verder inperken. Let op! Gebruik geen standaard filters van PubMed! Deze zijn gebasseerd op de MeSH termen en verwijderen de referenties die je hebt gevonden met zoeken in titel en abstract ([tiab]). Meestal ben je op zoek naar randomized controlled trials of systematic reviews. Deze kun je filteren met een zoekcommando.
Gebruik een filter voor RCT (randomized controlled trial) of SR (systematic review) pas nadat je helemaal klaar bent met alle combinaties van zoektermen. Voeg Therapy/Narrow[filter] of systematic[sb]toe aan jouw zoekopdracht met een AND relatie. Voorbeeld: ("Dietary Fiber"[Mesh] OR dietary fiber*[tiab] OR Wheat Bran*[tiab] OR Roughage*[tiab]) AND Therapy/Narrow[filter] toont randomized controlled trials die voldoen aan jouw zoekopdracht.
Tips!
Filteren op tijd, zoals de laatste 5 jaar is niet nodig. Links bovenin het resultaatscherm staat een grafiek waarmee je de gevonden referenties kunt inperken op tijd.
Als je filters instelt voor je zoekactie blijven deze geldig voor alle volgende zoekacties die je doet. Ze worden enkel inactief als je ze zelf verwijdert.
Gebruikniethet filter 'Free full text'.Als je dit filter gebruikt sluit je namelijk niet-full text resultaten uit, waardoor je veel relevante informatie zult missen. Het beste bewijs is zelden gratis. Vraag artikelen, waar je geen toegang tot kunt krijgen, aan via de Hanzemediatheek.
4.2 Verwijzen
De knop 'Cite' (aan de rechterkant van een geopend artikel) geeft een titelbeschrijving van het artikel welke gebruikt kan worden in de literatuurlijst. Selecteer Format "APA" rechtsonderaan voor een beschrijving volgens de APA regels. Let op!Dit is de internationale APA. Controleer de beschrijving aan de hand van de APA 7 snelgids op eventuele aanpassing voor de Nederlandse versie.
De knop geeft een directe link naar het artikel, gebruik deze als je snel toegang tot het artikel wilt geven.
Cite en Permalink
4.3 Zoekresultaten sorteren
De knop 'Display options' (rechtsboven in de resultatenlijst) geeft de mogelijkheid om het resultaat te sorteren. Kies "Most recent" voor een overzicht met de nieuwste artikelen bovenaan.
Kies geen "Best match". Of een artikel het beste antwoord geeft op jouw onderzoeksvraag, moet je zelf beoordelen. Dat kun je niet aan PubMed overlaten, omdat het onduidelijk is waarop de sortering is gebaseerd.
Met Display options kun je ook instellen hoeveel resultaat je in een scherm wilt zien en de weergave veranderen naar abstract.
Display options
4.4 Kennisclip Sorteren en filters
Zoekresultaat sorteren en filteren op RCT's.
De clip wordt zonder geluid weergegeven.
5. Full text
PubMed is een bibliografische databank, dit betekent dat er vooral beschrijvingen van literatuur in PubMed opgenomen worden en geen volledige artikelen. De mediatheek heeft een linkresolver aan het adres van PubMed toegevoegd waarmee je door kunt linken naar het volledige artikel uit het tijdschrift.
Tip!Gebruik dus altijd deze toegang tot PubMed of ga via de Library guides van de Hanzemediatheek.
Doorloop de volgende stappen voor full text: 1. Klik op de button met het logo van de Hanzehogeschool dat bij het abstract staat.
2. Check of het artikel elders online beschikbaar is via Google Scholar. Kopieer en plak eenvoudigweg de titel of het DOI nummer van het PubMed artikel in de zoekbalk van Google Scholar. Tip!Voeg Hanzetoe aan je instellingen in Google Scholar, dan kun je gelijk zien of het deel uit maakt van de collectie en doorlinken naar het volledige artikel.
3. PubMed bevat ook gratis artikelen (free full text). Dit staat vermeld bij de beschrijving. Maak er gebruik van als het kan, maar filterhier niet op, je mist dan de betaalde content waar je wel toegang tot hebt als student van de Hanzehogeschool!
4. Is het artikel op geen van de voorgaande manieren te vinden, dan kun je het (voor 6,50) aanvragen via de mediatheek. Het artikel wordt dan voor je aangevraagd bij een externe bibliotheek.
Het arrangement Zoeken in PubMed : training Hanzehogeschool is gemaakt met
Wikiwijs van
Kennisnet. Wikiwijs is hét onderwijsplatform waar je leermiddelen zoekt,
maakt en deelt.
Auteur
Olga van Dijk
Je moet eerst inloggen om feedback aan de auteur te kunnen geven.
Laatst gewijzigd
2024-06-04 14:43:04
Licentie
Dit lesmateriaal is gepubliceerd onder de Creative Commons Naamsvermelding-GelijkDelen 4.0 Internationale licentie. Dit houdt in dat je onder de voorwaarde van naamsvermelding en publicatie onder dezelfde licentie vrij bent om:
het werk te delen - te kopiëren, te verspreiden en door te geven via elk medium of bestandsformaat
het werk te bewerken - te remixen, te veranderen en afgeleide werken te maken
voor alle doeleinden, inclusief commerciële doeleinden.
Leeromgevingen die gebruik maken van LTI kunnen Wikiwijs arrangementen en toetsen afspelen en resultaten
terugkoppelen. Hiervoor moet de leeromgeving wel bij Wikiwijs aangemeld zijn. Wil je gebruik maken van de LTI
koppeling? Meld je aan via info@wikiwijs.nl met het verzoek om een LTI
koppeling aan te gaan.
Maak je al gebruik van LTI? Gebruik dan de onderstaande Launch URL’s.
Arrangement
Oefeningen en toetsen
MeSH termen
Synoniemen
IMSCC package
Wil je de Launch URL’s niet los kopiëren, maar in één keer downloaden? Download dan de IMSCC package.
Oefeningen en toetsen van dit arrangement kun je ook downloaden als QTI. Dit bestaat uit een ZIP bestand dat
alle
informatie bevat over de specifieke oefening of toets; volgorde van de vragen, afbeeldingen, te behalen
punten,
etc. Omgevingen met een QTI player kunnen QTI afspelen.
Wikiwijs lesmateriaal kan worden gebruikt in een externe leeromgeving. Er kunnen koppelingen worden gemaakt en
het lesmateriaal kan op verschillende manieren worden geëxporteerd. Meer informatie hierover kun je vinden op
onze Developers Wiki.
geeft een directe link naar het artikel, gebruik deze als je snel toegang tot het artikel wilt geven.
