DAMTA Veredeling minor deeltijd

DAMTA Veredeling minor deeltijd

Introductie

Op deze website enkele links en heel kort wat informatie over de onderwerpen die in de lessen over Veredeling in DAMTA worden behandeld.

De eenvoudige url is www.tinyurl.com/damta05

 

 

Incotec Mobile Thermoseed Facility from Mark Blum on Vimeo.

Genetische modificatie

In Nederland hebben we relatief weinig te maken met genetisch gemodificeerde gewassen. Wereldwijd is er echter sprake van een behoorlijke opmars hiervan. Een aantal onderwerpen om te behandelen:

  • Welke eigenschappen kunnen worden toegevoegd aan rassen dmv genetische modificatie?
  • Hoe ziet het gebruik van GM-gewassen eruit in Europa?
  • Hoe ziet het gebruik van GM-gewassen er wereldwijd uit?
  • Welke argumenten worden gebruikt in de ethische discussie omtrend genetische modificatie?

 

Onder deze link de locaties van proefvelden met GM gewassen in Nederland de afgelopen jaren. De aantallen zijn beperkt, de gewassen zijn met name aardappel, appel en mais.

http://www.ggo-vergunningverlening.nl/Vergunningendatabase/Locaties_van_veldproeven_in_Nederland/Locaties_veldproeven_2014

GM wereldwijd

GM in Nederland

Mogelijkheden met genetische modificatie

Klimaatrijst: verdeling van suikers door de plant aanpassen

http://www.nrc.nl/handelsblad/2015/07/24/chinezen-maken-klimaatrijst-goed-voor-opbrengs-1520123

Deze link bevat een artikel over Chinese onderzoekers die het SUSIBA2-gen uit gerst in rijst hebben gezet. Dit gen zorgt dat de zaden harder aan suikers trekken.
 
Hier de samenvatting van het artikel in Nature: http://www.nature.com/nature/journal/v523/n7562/full/nature14673.html
 
Golden rice: rijst met extra B-caroteen
 

Technieken

Er bestaan verschillende manieren om een plant genetisch aan te passen. In feite is zelfs het selecteren van gewenste planten een vorm van het "naar je hand zetten van" de genetica van planten. De discussie welke technieken beschouwd worden als GMO/acceptabel/onacceptabel is interessant. Je kunt dit bekijken vanuit de overheid (toegestaan of niet?), maar ook organisaties als Demeter (keurmerk biologisch dynamisch) denken hierover na en moeten bepalen waar de grens ligt van wat ze willen.

De eerste twee technieken waaraan men denkt bij transgene planten zijn:

Agrobacterium

en

Particle Gun

Er bestaan echter andere methoden, zoals CRISPR-cas en TILLING

http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n4/full/nbt.2842.html

http://gizmodo.com/everything-you-need-to-know-about-crispr-the-new-tool-1702114381?trending_test_e&utm_expid=66866090-62.YkETBcIMTk2uX1oytHipyg.5&utm_referrer=https%3A%2F%2Fwww.google.nl%2F

 

https://en.wikipedia.org/wiki/TILLING_(molecular_biology)

http://www.gmo-safety.eu/news/150.tilling-alternative-genetic-engineering.html

 

Ook enkele methoden zoals protoplastenfusie worden door sommigen beschouwd als een vorm van genetische modificatie.

https://en.wikipedia.org/wiki/Somatic_fusion

 

Ethisch

Hybride aardappel/hybride gerst

Waarom is het interessant om gewassen als een hybride te veredelen in plaats van als een zelfbestuiver of een vegetatief vermeerderd gewas?

 

Hybride aardappel

De hybride aardappel is niet hetzelfde als aardappels gaan telen uit zaad. Het belangrijkste voordeel ligt misschien wel op het terrein van de veredelingssnelheid.

Enkele factoren die van belang kunnen zijn:

  • Aardappel is normaal gesproken een tetraploid gewas. Dit maakt het inkruisen van een nieuwe eigenschap (/het kwijtraken van ongewenste eigenschappen uit een wilde ouder) een langdurige operatie. Bij de hybride aardappel kan men ervoor kiezen om op diploid niveau te werken. Wel is de vraag of het mogelijk is om een diploide aardappel te maken die net zo goed presteert als een tetraploid.
  • "Deleterious alleles". Mede dankzij het tetraploid-zijn kan de aardappel relatief ongestraft veel kapotte genen in het genoom dragen. Hierover lees je meer in dit artikel http://www.nature.com/nature/journal/v475/n7355/fig_tab/nature10158_F3.html
  • Vermeerdering uit zaad is zeer praktisch. Zaden zijn licht, meestal virusvrij en lang te bewaren.
  • Zaailingen kunnen misschien niet in 1 jaar een goede knolopbrengst geven. Dit zou een reden kunnen zijn om de zaden enkel te gebruiken voor bv productie van pootgoed of in plaats van weefselkweekplantjes als uitgangsmateriaal voor de productie van miniknollen.

 

http://www.agriproject.nl/Presentatie%20Solynta,%2011%20september%202013%20voor%20Greenport%20Holland%20overheden.pdf

 

Hybride gerst

Ploidie

x en n

Bepalen ploidieniveau

Aanpassen ploidieniveau

Warmtebehandeling zaden

Niet alleen met chemische middelen, maar ook met behulp van warmte is het mogelijk om zaden te ontdoen van pathogenen. Omdat de temperatuur waarop de ziekte verdwijnt meestal dicht ligt bij de temperatuur waarop het zaadje kapot gaat, is het ontsmetten dmv warmte niet zo eenvoudig. Daarom wordt gewerkt aan technieken om veiliger en efficienter zaden te kunnen ontsmetten dmv warmte. Warmte kan op verschillende manieren toegediend worden, bijvoorbeeld:

  • Dopen in warm water
  • Behandelen met warme (droge) lucht
  • Behandelen met warme (vochtige) lucht

Een opsomming van enkele methoden: http://agridr.in/tnauEAgri/eagri50/PATH171/lec26.pdf

Behandeling met warm water

Op deze website staan een aantal recepten en vind je ook wat informatie over de ziekten waartegen de behandelingen zouden werken.

Website

Recepten (gewas, temperatuur, tijdsduur)

Zaadgebonden ziekten per gewas

 

Behandeling met vochtige lucht/ stoom

In dit document een foto van de opstelling en de resultaten van een proef met gerst:

http://www.lzi.lt/tomai/95(4)tomas/95_4_tomas_172_182.pdf

Welke tijdsduur levert een aardige reductie van de infectie op?

Wat is het effect van deze behandeling op de kiemkracht?

 

Op grotere schaal kan dit er zo uitzien:

Leuke bijkomstigheid is dat deze behandeling soms ook snellere kieming op lijkt te leveren.

 

 

Behandeling met warme lucht

Ook warme (droge) lucht wordt wel toegepast als manier van ontsmetten.

Wortelzaden. In water, daarna behandeld met hete lucht (70 of 75°C).

http://www.nzpps.org/journal/63/nzpp_632770.pdf

 

 

Markers

In de module DHVVT hebben we markers besproken en technieken zoals PCR. PCR is een belangrijke basistechniek om met markers te kunnen werken, maar het is ook interessant om te weten hoe snel de ontwikkelingen gaan en wat er op dit moment mogelijk is. Doordat er steeds slimmere technieken worden uitgevonden, kan het DNA van de plant steeds sneller en in meer detail worden bekeken.

 

Sequencing

Sequencing is het bepalen van de basenvolgorde van een stuk DNA. Zoals jullie nog weten, is DNA een keten die is opgebouwd uit uit de basen A, T, C en G.

 

Het bepalen van zo'n basenvolgorde was vroeger een enorme operatie. Het wordt echter in rap tempo eenvoudiger om een compleet organisme te sequencen.

http://www.genome.gov/sequencingcosts/

Hoe duur is het nu en was het 5 en 10 jaar geleden ongeveer om van een stukje van 1 000 000 basen de volgorde te bepalen?
 
Van allerlei planten is het genoom inmiddels "ontrafeld". De informatie die dit oplevert, kun je op internet downloaden.
 
Meer info over verschillende sequencing-technieken in deze filmpjes. (Voor de liefhebber, geen examenstof.)
 
 

 

 

 

SNP's

In de module DHVVT hebben we gesproken over de basis-trucs die men kan uithalen met DNA:
  • Kopieren (PCR)
  • Knippen
  • Plakken (hybridisatie)
Bij de keuze van de meest ideale techniek om in de praktijk toe te passen, spelen een aantal factoren een rol, zoals:
  • Reproduceerbaarheid
  • Eenvoudig te gebruiken
  • Beschikbaar aantal markers
  • Automatiseerbaarheid
  • Dominant of co-dominant? (Dwz: is het verschil tussen een homo- en een heterozygote plant zichtbaar?)
  • Kosten
 
Technieken zoals het Fluidigm EP1 systeem maken het mogelijk om vlot met SNP's te werken.
 

 

 

Toepassingen

De grotere veredelingsbedrijven zijn ongetwijfeld druk bezig met het toepassen van SNP's, maar ze zullen meestal niet onthullen hoe ver ze precies zijn/welke machines ze gebruiken. Instituten zullen dit eerder doen dan bedrijven.

 

High-Throughput SNP Genotyping to Accelerate Crop Improvement

(IRRI)

http://www.plantbreedbio.org/journal/view.html?uid=137&vmd=Full&

 

Een patent van Monsanto over een techniek om van zaden een klein DNA-monster te nemen zonder ze teveel te beschadigen. Zo kan het zaad worden gezaaid na selectie op DNA. EP1869961B1

http://www.google.com/patents/EP1869961B1?cl=un&hl=nl

 

 

Interessante bedrijven

Kwekersrecht, patenten en Nagoya protocol

Kwekersrecht zorgt ervoor dat iemand die een ras ontwikkelt zijn investering terug kan verdienen. Heel grof gezegd werk kwekersrecht zo:

  • Een ontwikkelaar van een ras vraag kwekersrecht aan en krijgt dit als het voldoet aan bepaalde eisen.
  • Anderen mogen zijn ras nu niet vermeerderen en verkopen. Hierop heeft de ontwikkelaar het alleenrecht.
  • Anderen mogen zijn ras wel gebruiken om mee verder te kruisen en nieuwe, betere rassen te ontwikkelen.

Er zijn op dit terrein echter wat ingewikkelde details en nieuwe ontwikkelingen.

 

Kwekersrecht

Instanties betrokken bij kwekersrecht:

http://www.raadvoorplantenrassen.nl/nl/home

 
 
 
 
Landen
Kwekersrecht kan men aanvragen voor Nederland of voor de EU. Voor andere gebieden gelden vaak afwijkende regels. Een van de dingen die men per land kan opzoeken is of (en welke versie van) het UPOV-verdrag het heeft ondertekend. Juridisch zijn allerlei puzzels te verzinnen. Mogelijk mag een gewas dat hier in Nederland kwekersrechtelijk is beschermd, in Afrika worden doorvermeerderd. Snijbloemen van het ras naar Nederland halen, mag dan echter niet. Dit soort dingen levert wel eens rechtzaken op.
 
In de Verenigde Staten werkt met met een Plant Patent ipv met kwekersrecht.
 
Afhankelijk van de landen waarin men verwacht dat een ras succesvol kan zijn, kiest een bedrijf uit hoe het wordt beschermd. Hierbij is aardig wat kennis nodig over de regels over de hele wereld. Een ras dat in Europa al een poosje op de markt is, kan bijvoorbeeld mogelijk geen Plant Patent krijgen in de Verenigde Staten omdat het niet nieuw meer is.
 
Afgeleide rassen
Soms valt een nieuw ras dat ontwikkeld is uit een bestaand ras onder het kwekersrecht van het bestaande ras. In dit geval spreekt men van een afgeleid ras. Hiervan is bv vaak sprake wanneer een ras een mutant is van een kwekersrechtelijk beschermd ras. Ook dit kan natuurlijk tot discussies leiden.
 

Patenten

De laatste tijd worden naast kwekersrechten ook patenten verleend op eigenschappen in planten. Dit maakt plantenveredeling mogelijk een stuk moeilijker, vooral voor wat kleinere bedrijven die geen juristen in dienst hebben.

http://zembla.vara.nl/seizoenen/2015/afleveringen/04-03-2015/steeds-meer-patenten-op-gewone-groenten

Een deel van de oplossing wordt misschien geboden door een uitwisselingsplatform voor patenten, het ILP.

http://www.ilp-vegetable.org/about-ilp/

Plantum, de branchorganisatie van de veredelaars en de vermeerderaars zou echter liever van beperkingen die patenten op kunnen leveren bij het ontwikkelen van nieuwe rassen af willen.

https://www.plantum.nl/Content/Files/file/Standpunten/Standpunt%20inzake%20octrooi-%20en%20kwekersrecht.pdf

Een mogelijk voorbeeld van de (voorlopige) nieuwe realiteit vind je bijvoorbeeld op de website van Enza onder het kopje E-Licensing: http://www.enzazaden.nl/elicensing/

 

 

Nagoya protocol

Naast de patenten levert het Nagoya Protocol in het gunstigste geval veel extra papierwerk en in het ongunstigste geval grote problemen voor vooral de kleinere veredelaars op. Dit verdrag is bedoeld om landen een eerlijke vergoeding te betalen voor het gebruik van hun biodiversiteit bij het ontwikkelen van nieuwe rassen.

 

Ook hierover heeft Plantum een standpunt:

https://www.plantum.nl/Content/Files/file/Standpunten/Plantum%20factsheet%20Biodiversiteit%20-%20Nagoya%20Protocol.pdf

 

Enkele veredelaars proberen van het Nagoya Protocol af te komen:

http://www.agriholland.nl/nieuws/artikel.html?id=161396

 

Een interview over het Nagoya Protocol:

http://file:///C:/Downloads/Ruggespraak%201-2015.pdf

 

Meer informatie:

http://www.wageningenur.nl/en/Expertise-Services/Statutory-research-tasks/Centre-for-Genetic-Resources-the-Netherlands-1/Centre-for-Genetic-Resources-the-Netherlands-1/ABS-Focal-Point.htm

 

Wat te doen als gebruiker van genetische bronnen?

http://www.wageningenur.nl/en/Expertise-Services/Statutory-research-tasks/Centre-for-Genetic-Resources-the-Netherlands-1/Centre-for-Genetic-Resources-the-Netherlands-1/ABS-Focal-Point/What-to-do-as-a-user-of-genetic-resources.htm

 

Voorbeeldvragen

Markers

Wat wordt bedoeld met sequencing?

Waarom is sequencing nuttig als men SNP markers wil gebruiken?

Wanneer spreekt men van een co-dominante marker?

Wat is bio-informatica? Geef een voorbeeld van bio-informatica om met SNP-markers te kunnen werken.

 

Hybride aardappel/gerst

 

 

 

  • Het arrangement DAMTA Veredeling minor deeltijd is gemaakt met Wikiwijs van Kennisnet. Wikiwijs is hét onderwijsplatform waar je leermiddelen zoekt, maakt en deelt.

    Auteur
    Barend Gehner Je moet eerst inloggen om feedback aan de auteur te kunnen geven.
    Laatst gewijzigd
    2015-11-24 16:17:34
    Licentie

    Dit lesmateriaal is gepubliceerd onder de Creative Commons Naamsvermelding 3.0 Nederlands licentie. Dit houdt in dat je onder de voorwaarde van naamsvermelding vrij bent om:

    • het werk te delen - te kopiëren, te verspreiden en door te geven via elk medium of bestandsformaat
    • het werk te bewerken - te remixen, te veranderen en afgeleide werken te maken
    • voor alle doeleinden, inclusief commerciële doeleinden.

    Meer informatie over de CC Naamsvermelding 3.0 Nederland licentie.

    Aanvullende informatie over dit lesmateriaal

    Van dit lesmateriaal is de volgende aanvullende informatie beschikbaar:

    Leerniveau
    HBO - Bachelor;
    Leerinhoud en doelen
    Landbouwwetenschappen;
    Eindgebruiker
    leerling/student
    Moeilijkheidsgraad
    gemiddeld
  • Downloaden

    Het volledige arrangement is in de onderstaande formaten te downloaden.

    Metadata

    LTI

    Leeromgevingen die gebruik maken van LTI kunnen Wikiwijs arrangementen en toetsen afspelen en resultaten terugkoppelen. Hiervoor moet de leeromgeving wel bij Wikiwijs aangemeld zijn. Wil je gebruik maken van de LTI koppeling? Meld je aan via info@wikiwijs.nl met het verzoek om een LTI koppeling aan te gaan.

    Maak je al gebruik van LTI? Gebruik dan de onderstaande Launch URL’s.

    Arrangement

    IMSCC package

    Wil je de Launch URL’s niet los kopiëren, maar in één keer downloaden? Download dan de IMSCC package.

    Meer informatie voor ontwikkelaars

    Wikiwijs lesmateriaal kan worden gebruikt in een externe leeromgeving. Er kunnen koppelingen worden gemaakt en het lesmateriaal kan op verschillende manieren worden geëxporteerd. Meer informatie hierover kun je vinden op onze Developers Wiki.