Hoofdstuk 06

6.1 Bioinformatica tools - deel I

Waar werken bioinformatici mee?

In 1990 is de Human Genome Organisation (HUGO) gestart met een project om het volledige genoom van de mens op te helderen: het Human Genome Project. In 2003 was dit project afgerond, waardoor de hele nucleotidenvolgorde van het DNA van de mens nu bekend is. Gebleken is dat het genoom van de mens ongeveer 3 miljard basenparen bevat. Om zo'n grote hoeveelheid informatie op te kunnen slaan wordt gebruik gemaakt van databases. De databases van het genoom van de mens en van andere organismen zijn te vinden op het internet. Zo is de informatie wereldwijd toegankelijk. Vanwege de enorme hoeveelheid informatie wordt steeds slechts één streng van het DNA opgeslagen in de database.

De toegankelijkheid van de bioinformatica databases op het internet maakt het mogelijk om een te onderzoeken sequentie te vergelijken met al bekende sequenties. Het doet er daarbij niet toe of de sequentie uit een tiental of uit tienduizenden nucleotiden bestaat. Je kunt hem vergelijken als geheel of in fragmenten, met gehele of fragmentarische sequenties van organismen van de eigen soort of van andere soorten. In de bioinformatica databases vind je sequenties van gezonde mensen en sequentie-afwijkingen van patiënten, gemiddelde gensequenties van planten, dieren, bacteriën, virussen, schimmels, eigenlijk alles wat maar een eiwit of erfelijk materiaal bij zich draagt.
De kunst is om gericht te zoeken. Met de juiste computerprogramma's, die het vele rekenwerk overnemen, kunnen de gewenste analyses en vergelijkingen dan snel gemaakt worden.
Bijzonder is dat je niet alleen statistisch kunt bepalen of er een zekere verwantschap is tussen sequenties, maar dat je ook toegang hebt tot alle (onderzoeks)literatuur omtrent de betreffende sequenties, omdat die hieraan gekoppeld is op het internet.

Bekijk het filmpje uit het programma Nieuwslicht.

 

Colofon

Het arrangement Hoofdstuk 06 is gemaakt met Wikiwijs van Kennisnet. Wikiwijs is hét onderwijsplatform waar je leermiddelen zoekt, maakt en deelt.

Auteur
Bètapartners Je moet eerst inloggen om feedback aan de auteur te kunnen geven.
Laatst gewijzigd
2015-04-24 09:43:44
Licentie

Dit lesmateriaal is gepubliceerd onder de Creative Commons Naamsvermelding-GelijkDelen 3.0 Nederland licentie. Dit houdt in dat je onder de voorwaarde van naamsvermelding en publicatie onder dezelfde licentie vrij bent om:

  • het werk te delen - te kopiëren, te verspreiden en door te geven via elk medium of bestandsformaat
  • het werk te bewerken - te remixen, te veranderen en afgeleide werken te maken
  • voor alle doeleinden, inclusief commerciële doeleinden.

Meer informatie over de CC Naamsvermelding-GelijkDelen 3.0 Nederland licentie.

Dit materiaal is achtereenvolgens ontwikkeld  en getest in een SURF-project  (2008-2011: e-klassen als voertuig voor aansluiting VO-HO) en een IIO-project (2011-2015: e-klassen&PAL-student).  In het SURF project zijn in samenwerking met vakdocenten van VO-scholen, universiteiten en hogescholen e-modules ontwikkeld voor Informatica, Wiskunde D en NLT.  In het IIO-project (Innovatie Impuls Onderwijs) zijn in zo’n samenwerking modules ontwikkeld voor de vakken Biologie, Natuurkunde en Scheikunde (bovenbouw havo/vwo).  Meer dan 40 scholen waren bij deze ontwikkeling betrokken.

Organisatie en begeleiding van uitvoering en ontwikkeling is gecoördineerd vanuit Bètapartners/Its Academy, een samenwerkingsverband tussen scholen en vervolgopleidingen. Zie ook www.itsacademy.nl

De auteurs hebben bij de ontwikkeling van de module gebruik gemaakt van materiaal van derden en daarvoor toestemming verkregen. Bij het achterhalen en voldoen van de rechten op teksten, illustraties, en andere gegevens is de grootst mogelijke zorgvuldigheid betracht. Mochten er desondanks personen of instanties zijn die rechten menen te kunnen doen gelden op tekstgedeeltes, illustraties, enz. van een module, dan worden zij verzocht zich in verbinding te stellen met de programmamanager van de Its Academy (zie website). 

Gebruiksvoorwaarden:  creative commons cc-by sa 3.0

Handleidingen, toetsen en achtergrondmateriaal zijn voor docenten verkrijgbaar via de bètasteunpunten.

 

Aanvullende informatie over dit lesmateriaal

Van dit lesmateriaal is de volgende aanvullende informatie beschikbaar:

Toelichting
Deze les maakt onderdeel uit van de e-klas 'Bio-informatica voor VWO 5 en 6 voor het vak NLT.
Leerniveau
VVE; VWO 6; Praktijkonderwijs; VWO 5;
Leerinhoud en doelen
Natuur, leven en technologie; Wisselwerking tussen natuurwetenschap en technologie;
Eindgebruiker
leerling/student
Moeilijkheidsgraad
gemiddeld
Trefwoorden
e-klassen rearrangeerbaar

Downloaden

Het volledige arrangement is in de onderstaande formaten te downloaden.

Metadata

LTI

Leeromgevingen die gebruik maken van LTI kunnen Wikiwijs arrangementen en toetsen afspelen en resultaten terugkoppelen. Hiervoor moet de leeromgeving wel bij Wikiwijs aangemeld zijn. Wil je gebruik maken van de LTI koppeling? Meld je aan via info@wikiwijs.nl met het verzoek om een LTI koppeling aan te gaan.

Maak je al gebruik van LTI? Gebruik dan de onderstaande Launch URL’s.

Arrangement

IMSCC package

Wil je de Launch URL’s niet los kopiëren, maar in één keer downloaden? Download dan de IMSCC package.

Meer informatie voor ontwikkelaars

Wikiwijs lesmateriaal kan worden gebruikt in een externe leeromgeving. Er kunnen koppelingen worden gemaakt en het lesmateriaal kan op verschillende manieren worden geëxporteerd. Meer informatie hierover kun je vinden op onze Developers Wiki.

close
Colofon
thumb  
gemaakt met Wikiwijs van kennisnet-logo
Hoofdstuk 06
open