Na de oorlog in 1945 kon Nederland niet troepen naar Indonesië sturen om het gezag te herstellen. Groot-Brittannië wilde hiermee helpen. De Amerikanen en Britten lieten de handhaving van het gezag in handen van achtergebleven Japanse troepen. De Nederlandse bevolking in de kampen, werden nu beschermd door de Japanners tegen de inlandse nationalisten. Deze nationalisten maakten hiervan gebruik door hun eigen structuren op te bouwen. Zij kregen de controle over de grootste delen van Java en Sumatra.
In een radiotoespraak van koningin Wilhelmina in december 1942 had zij een belofte gedaan over Indonesië. De radio's in Indië werden in beslag genomen door de Japanners tijdens de oorlog, maar sommigen zouden dit toch hebben gehoord.
Het plan werd nu om Indonesië op te delen in verschillende deelstaten, die zelf besturende gebieden zouden kunnen hebben. Het geheel zou dan de Verenigde Staten van Indonesië heten en met Nederland verbonden zijn in de Nederlands-Indonesische Unie. De door de nationalisten uitgeroepen Republik Indonesia zou een deelstaat worden. Hierover werd overeenstemming bereikt tijdens de conferentie van november 1946 (in Linggadjati).
Het idee om Indië los te moeten laten was alleen voor veel Nederlanders te schokkend. Zij hadden nog steeds het idee om de inlanders te moeten verbeteren. Het idee dat Nederlands-Indië ooit onafhankelijk zou worden was er wel, maar dit lag in de verre toekomst. Er werden dan ook geen vergaande hervormingen in het bestuur doorgevoerd. Ook de leiders van de Republik Indonesia werden niet erkend als leiders van de Indonesische massa's.
De Amerikanen drongen bij Nederland aan op een oplossing van het conflict. Door hun anti-kolonialisme stonden zij niet aan de kant van Nederland. Vanaf 1944 was er ook nog een enorme hongersnood in Nederlands-Indië, waardoor veel Indiërs stierven.
Nederland verzette zich tegen de Indonesische onafhankelijkheid en stuurde militairen om 'de rust te herstellen'. Deze Politionele Actie's waren nodig om de moordaanslagen op de Indo's, Chinezen en Hollands gezinde Indonesiërs te stoppen.
Vanwege de internationale druk van vooral de Verenigde Staten accepteerde Nederland op 27 december 1949 de Indonesische onafhankelijkheid.