Bij de opheffing van de VOC in 1799 nam de Bataafse Republiek de bezittingen in Oost-Indië over. De verdediging van de Indische gebieden was onder de VOC al jarenlang flink verwaarloosd. De Bataafse Republiek nam ook de verdediging van de Indische gebieden op zich.
In 1813 ontstond het Verenigd Koninkrijk der Nederlanden en de naam Oost-Indië verandert in Nederlands-Indië. De Indische strijdmacht was onderdeel van het Nederlandse leger onder leiding van het Ministerie van Oorlog.
In 1825 ontstond er een grote opstand op Java tegen de Nederlandse overheersing onder leiding van de inheemse prins Diponegoro. Pas na een lange strijd van vijf jaar, die aan beide kanten veel slachtoffers eiste, werd Diponegoro in 1830 verslagen.
De moeizame gewonnen Java-oorlog leidde tot een reorganisatie van het Nederlandse leger. De Indische onderdelen werden een apart leger onder leiding van het Ministerie van Koloniën.