Bij sommige ziekten is het afweersysteem in de war en worden er eigen, gezonde cellen aangevallen.
In het ergste geval worden alle cellen aangevallen. Meestal is de aanval beperkt tot een orgaan. De uitsteeksels op cellen van dat orgaan worden dan gezien als antigenen.
Elk orgaan in het lichaam heeft andere uitsteeksels op de cellen. Als eigen lichaamscellen worden aangevallen, spreek je van een auto-immuunziekte.
Bij een bepaald type diabetes (suikerziekte) worden de eilandjes van Langerhans in de alvleesklier door het eigen afweersysteem aangevallen.
Er wordt dan geen insuline meer gemaakt.
Het gevolg is: te veel suiker in het bloed.