De Republiek was in de 17e eeuw een toevluchtsoord voor mensen die op andere plekken in Europa werden vervolgd om hun geloof. In Frankrijk waren veel protestanten gedwongen om te vluchten omdat ze in eigen land gevaar liepen. Ze werden ontslagen uit openbare ambten, uit de gilden verstoten en hun scholen werden opgeheven.
Veel hugenoten, zoals de Franse protestanten werden genoemd, kwamen in de Republiek terecht. Het verklaart de vele Frans aandoende achternamen van mensen in ons land.
Een andere groep immigranten die naar de Republiek kwamen, waren joden die als slachtoffers van de inquisitie of andere vormen van vervolging moesten vluchten. Joden uit Centraal- en Oost-Europa vormden al snel de grootste joodse gemeenschap in Amsterdam en Nederland.
Net als de katholieken hielden joden hun erediensten eerst in onopvallende kerken: in huissynagogen. Veel Joodse immigranten werden welvarende kooplieden. In de loop van de 17e eeuw werd het toegestaan dat zij prachtige synagogen bouwden op prominente plekken in de steden.