Desinfecteren is het zodanig behandelen van een oppervlak dat alle ongewenste micro-organismen gedood zijn. Bij een goede reiniging wordt 50% tot 90% van de micro-organismen met het vuil verwijderd. Desinfectie zorgt ervoor dat uiteindelijk 99,9% van de micro-organismen verwijderd of gedood zijn. Er blijft dus altijd een klein deel aan micro-organismen achter. Wil je deze gaan verwijderen, dan zul je moeten sterilliseren.
Hieronder zie je in een plaatje aangegeven wat de invloed van desinfectie op handen is.
Voordat je kunt gaan desinfecteren, zal al het zichtbare vuil verwijderd moeten zijn. Is dit niet het geval, dan heeft desinfecteren onvoldoende effect. Het desinfectiemiddel zal namelijk niet inwerken op de plaatsen waar zich nog vuil bevindt. Dus na fase 3 of fase 5 van de reiniging kun je starten met een desinfectie. In productieruimtes is dit vaak een sproeidesinfectie. Het desinfectiemiddel dient enkele minuten in te werken alvorens deze kan worden afgespoeld. Het afspoelen zorgt ervoor dat er geen residuresten achterblijven op apparatuur of werkbanken.