Darwin publiceerde zijn beroemdste boek met zijn evolutieleer ,"On the Origin of Species", in 1859. Die evolutieleer was onder anderen gebaseerd op het werk van de geoloog Lyell en de econoom Malthus.Volgens Lyell was de structuur van het aardoppervlak (bergen, valleien, rivieren e.d.) geleidelijk ontstaan door de inwerking van ook nu nog bestaande krachten. De snelheid van die veranderingen is zo gering, dat de aarde veel ouder zou moeten zijn dan men tot dan toe aannam. Men schatte de aarde toen 6000 jaar. Nu schat men de ouderdom van de aarde 4.5 miljard jaar.
Malthus was een van de eersten die pleitten voor geboortebeperking. Door de groei van de bevolking zou er voedsel gebrek komen en dus een verschrikkelijke "strijd om het bestaan" (=struggle for life).
De struggle for life werd door Darwin gezien als de drijvende kracht achter het ontstaan en het veranderen van soorten.
Het boek van Darwin was een groot succes. Darwin schreef in dit boek, uit angst voor opwinding, vrijwel niets over de afstamming van de mens.
Veel van zijn volgelingen concludeerden dat de mens van de apen afstamt.Vooral die gedachte was zo in tegenspraak met het scheppingsverhaal, dat er in kerkelijke kringen grote opwinding ontstond over het boek.
Later schreef Darwin een apart boek over de afstamming van de mens waarin hij zegt "We moeten echter niet in de dwaling vervallen van te vooronderstellen dat de voormalige voorvader van den geheelen stam der apen, met uitsluiting van den mensch, identisch was met, of zelfs zeer sterk leek op eenige bekende aapsoort."