Transgenderisme heeft geen specifiek proces. Veelal kennen deze individuen doorheen hun ontwikkeling van kleins af aan tegenstrijdigheid tussen het uiterlijk en de innerlijke ervaring. Het gebeurt ook dat deze tegenstrijdigheid niet perse door het individu zelf ervaren wordt. Zo zal het bij een jong kind voornamelijk de omgeving zijn die bepaalde gedragingen of uitingen opmerkt en daar conclusies uit trekt. Algemeen kan wel gesteld worden dat transgenderisme uiteindelijk leidt tot de ontwikkeling van een welbepaalde genderidentiteit.
Dikwijls voelt een transgender al op jonge leeftijd dat hij/zij anders is dan andere individuen, maar vaak kan men als buitenstaander ook het gevoel hebben dat het bij het kind niet goed te zien is of hij/zij nu een jongen of meisje is. Hoewel de kindertijd een zeer pril stadium in de ontwikkeling is, zouden we hier al kunnen stellen dat de eerste tekenen van transgenderisme aanwezig zijn.
Naarmate het kind opgroeit, zal meer en meer de genderidentiteit gaan manifesteren. Hierbij kunnen we drie outcomes differentiëren:
Transgenderisme kan dus zeer vroeg in de levensjaren opgemerkt worden, maar zal zich daarom niet blijvend manifesteren doorheen de ontwikkeling van het individu. Afhankelijk van de manier waarop de genderidentiteit ontwikkelt, zal men er al dan niet voor kiezen om lichamelijke aanpassingen uit te voeren. Sommigen zullen dit noodzakelijk achten om hun innerlijke gevoelens in overeenstemming te brengen, anderen hebben dit niet nodig en zullen zich louter door hun gedrag als transgenderist gedragen. Hoe dan ook, transgenderisme kan leiden tot transseksualiteit en van zodra de persoon deze stap zet, doorloopt hij/zij hetzelfde proces als beschreven voor de transseksueel.