De diagnostische fase is de eerste stap in het proces van de geslachtsaanpassende behandeling en deze duurt ongeveer 9 maanden tot 1 jaar.
Men zal hier de transgender persoon psychologisch/psychiatrisch onderzoeken, maar ook hormonaal-lichamelijk. Men plant 1 psychologisch consult per 6 weken.
Tijdens het psychologisch onderzoek streeft men ernaar tot de diagnose "genderidentiteitsstoornis" te komen. Men kijkt hier ook na of bepaalde externe factoren niet de oorzaak zijn van de genderdysfore klacht.
Mogelijke uitsluitende factoren voor de diagnose "genderidentiteitsstoornis" zijn:
Ook bij alcohol- en/of drugsmisbruik zal de psycholoog of psychiater geen groen licht geven voor het verdere verloop van het proces.
Verder onderzoekt men ook of de persoon op mentaal vlak klaar is voor de overgang. Men onderzoekt hier de draagkracht en het probleemoplossend gedrag van de transgender personen. Ook zal men met de familie spreken en onderzoeken in welke mate de transgender persoon steun zal krijgen van de familie en vrienden.
Het hormonaal-lichamelijk onderzoek wordt uitgevoerd door de endocrinoloog. Hierbij voert men een algemeen klinisch onderzoek uit, neemt men een bloedonderzoek af en evalueert men de dichtheid van de botten.
Indien men tijdens deze onderzoeken stoot op huidige of toekomstige problemen, zal de persoon een negatief advies krijgen en zal hij/zij het verdere proces niet doorlopen. De persoon kan in dit geval steeds kiezen voor zelfmedicatie, maar dit wordt ten zeerste afgeraden.