Een eveneens belangrijke parameter bij het beoordelen van de staat van instandhouding van habitattypen vormen de typische soorten, een begrip waarover tegelijkertijd veel onduidelijkheid bestaat. In artikel 1 van de Habitatrichtlijn wordt gesteld dat een habitattype alleen dan in een gunstige staat van instandhouding verkeert als dit ook geldt voor de typische soorten (European Commission 1992), maar in de rapportage hoeft over de staat van instandhouding van de typische soorten niet afzonderlijk gerapporteerd te worden. Daar worden ze gezien als een onderdeel van de parameter 'structuur en functie', waarvan wel een score moet worden gegeven. Een andere onduidelijkheid betreft de definitie van typische soorten. Als nadere uitleg van het begrip wordt gesteld dat typische soorten een indicatie geven van de representativiteit van een habitattype. Ze geven aan of een habitattype goed ontwikkeld is of vertegenwoordigen bijvoorbeeld een bepaalde variant of subtype. Hoewel de typische soorten niet per definitie overeenkomen met de soorten die worden vermeld in de tekst van de Interpretation manual van habitattypen (European Commission 2003), wordt aanbevolen deze lijst wel – zover mogelijk – te gebruiken, dit uit het oogpunt van consistentie tussen verschillende lidstaten. Behalve plantensoorten maken ook diersoorten deel uit van de lijst van typische soorten. Dit betreft dieren die hun optimum hebben in het habitattype of in een groep van nauw verwante habitattypen.
Begroeiingen van zacht water met soorten als Moerashertshooi (Hypericum elodes) en Waterpostelein (Peplis portula, hier in bloei) komen in ons land vooral voor in voedselarme heidevennen. Mede dankzij het archief van de Stichting Onderzoek Levensgemeenschappen (SOL) bevat de Landelijke Vegetatie Databank vele historische opnamen van deze begroeiingen van de Oeverkruid-klasse (Littorelletea uniflorae). Tot voor kort moesten ingrijpende maatregelen worden getroffen om deze gemeenschappen te behouden, zoals het geregeld schonen van de venbodem en het continu inlaten van gebufferd water, maar door het gestaag verbeteren van de luchtkwaliteit, waardoor minder zuren en stikstofverbindingen worden toegevoerd, lijken deze kunstgrepen minder vaak toegepast te hoeven worden. Fotograaf: Ruud Knol
Zowel voor het vaststellen van de lijsten van typische soorten van ieder habitattype als voor de beoordeling van hun staat van instandhouding (als onderdeel van structuur en functie) vormt de Landelijke Vegetatie Databank een belangrijke basis, althans voor zover het planten betreft. Voor de selectie van typische soorten wordt uitgegaan van de trouwgraad van planten voor het desbetreffende habitattype. Dit op basis van hun gebondenheid aan de corresponderende plantengemeenschappen, zoals kan worden vastgesteld door analyse van de synoptische tabellen van De vegetatie van Nederland. Zo kunnen Tengere veldmuur (Minuartia hybrida), Voorjaarsganzerik (Potentilla verna), Stijf hardgras (Desmazeria rigida), Kleine steentijm (Clinopodium acinos), Zacht vetkruid (Sedum sexangulare), Berggamander (Teucrium montanum), Klein klokhoedje (Encalypta vulgaris), Haartandmos (Trichostomum crispulum) en Hakig kronkelbladmos (Pleurochaete squarrosa) worden aangemerkt als typische plantensoorten voor het prioritaire habitattype 'Kalkminnend of basofiel grasland op rotsbodem behorend tot het Alysso-Sedion albae' (habitattype 6110), dat in ons land alleen wordt aangetroffen op rotsrandjes van mergelgroeven in Zuid-Limburg. Het eveneens tot Zuid-Limburg beperkte 'Grasland op zinkhoudende bodem behorend tot de Violetalia calaminariae' (habitattype 6130) wordt gekenmerkt door Zinkviooltje (Viola lutea subsp. calaminaria), Zinkboerenkers (Thlaspi caerulescens), een zinktolerante vorm van Engels gras (Armeria maritima var. halleri), Blaassilene (Silene vulgaris subsp. humilis) en Genaald schapegras (Festuca ovina subsp. ophioliticola).
Voor het beoordelen van de staat van instandhouding van de typische soorten kan worden nagegaan of er trends aanwezig zijn in het voorkomen van deze soorten. Deze analyse kan zowel landelijk, dus voor geheel Nederland, als op gebiedsniveau worden uitgevoerd. Aan de hand van vegetatietabellen wordt bepaald of er significante veranderingen optreden tussen de verschillende tijdsperioden. Ook hiervoor is binnen SynBioSys Nederland een module ontwikkeld, waarbij de verzamelde opnamen in deelbestanden voor perioden naar eigen keuze kunnen worden ingedeeld. Zo is het mogelijk recente opnamen (bijvoorbeeld vanaf de inwerkingtreding van de Habitatrichtlijn, dus na 1994) te vergelijken met vroegere waarnemingen. Wanneer sprake is van een significante afname, kan de staat van instandhouding van de desbetreffende soort of groep van soorten als ongunstig worden beoordeeld. Aan het gebruik van de bestanden voor deze doeleinden zitten diverse haken en ogen, waarin verderop (paragraaf 5.1) nader wordt ingegaan.