Een belangrijk onderdeel in SynBioSys vormen de vegetatiecomplexen, zoals die voor elk fysiotoop worden gepresenteerd. Ze laten de samenhang zien tussen de afzonderlijke plantengemeenschappen die in een bepaald fysiotoop worden aangetroffen. Dit in termen van successie en vervanging, waarbij de eerste (op de Y-as) laat zien hoe de pioniergemeenschappen op den duur overgaan in bos, de tweede (op de X-as) hoe het landgebruik van invloed is. Gemeenschappen die ontstaan door intensivering van het menselijke gebruik, staan links in het figuur. De diagrammen kunnen behoorlijk ingewikkeld zijn, zodat ze in de wandelgangen ook wel als spaghettidiagrammen bekend staan. Ook in dit onderdeel wordt aangegeven welke plantengemeenschappen als sleutelgemeenschappen gezien worden. Dit zijn doorgaans ook de gemeenschappen waarop het natuurbeleid en de natuurbescherming gericht zijn. In het project Wegen naar Natuurdoeltypen (Schaminée & Jansen 1998, 2001) stonden deze gemeenschappen centraal en is bekeken hoe zulke begroeiingen door inrichting en beheer ontwikkeld kunnen worden. Naast de veranderingen in de soortensamenstelling van de vegetatie wordt per reeks ingegaan op de ontwikkeling in de abiotische omstandigheden en een tweetal diergroepen: vogels en vlinders (zie Afbeelding 19).
Afbeelding 19. De veronderstelde ontwikkeling van de broedvogelpopulatie wanneer een zwaar bemest productiegrasland wordt omgevormd naar Zilverschoongrasland.
Als voorbeeld bespreken we hier de vegetatieontwikkeling op het fysiotoop Laaggelegen uiterwaardvlakten (ri2b) van de reeks Buitendijks (verstild) van de fysisch-geografische regio Rivierengebied (zie Afbeelding 20).
Afbeelding 20. Vegetatiecomplex van het fysiotoop Laaggelegen uiterwaardvlakten in het Rivierengebied, in termen van successie en vervanging.
De meest opvallende pioniergemeenschap op deze laaggelegen, voedselrijke en basenrijke gronden (die 's winters vaak voor langere tijd onder water staan, maar 's zomers droogvallen) is de Slijkgoen-Associatie (Eleocharito acicularis-Limoselletum). De begroeiingen, waarin het naamgevende Slijkgroen (Limosella aquatica) gewoonlijk het aspect bepaalt, profiteren van de dunne sliblaagjes die jaarlijks worden afgezet. Samen met Naaldwaterbies (Eleocharis acicularis) vormt deze soort ijle matten, waartussen andere eenjarige soorten, waaronder Rode waterereprijs (Veronica catenata), Akkerkers (Rorippa sylvestris), Greppelrus (Juncus bufonius) en Moerasdroogbloem (Gnaphalium uliginosum), maar ook minder algemene soorten als Klein vlooienkruid (Pulicaria vulgaris) en Bruin cypergras (Cyperus fuscus), een plekje weten te vinden. Ook hebben enkele mossen in deze gemeenschap hun zwaartepunt, in het bijzonder Sponswatervorkje (Riccia cavernosa) en Slibmos (Phiscomitrella patens).
Op plekken die beweid worden (en dat is op de meeste plaatsen in de uiterwaarden het geval), gaan de pionierbegroeiingen al gauw over in grasland. Het betreft hier de Associatie van Geknikte vossenstaart (Ranunculo-Alopecuretum geniculati) uit de Weegbree-klasse (Plantaginetea majoris), die in het rivierengebied wijd verbreid is. Sterk wisselende waterstanden zijn een belangrijke milieufactor, waarbij de mate en duur van inundatie in hoofdzaak bepalen welke subassociatie op de voorgrond treedt. Kenmerkende soorten zijn onder meer Krulzuring (Rumex crispus), Vijfvingerkruid (Potentilla reptans), de naamgever Geknikte vossenstaart (Alopecurus geniculatus) en de eerder genoemde Akkerkers. Minder algemeen zijn Platte rus (Juncus compressus) en Engelse alant (Inula brittanica), en uitgesproken zeldzaam Polei (Mentha pulegium).
Bij verdere intensivering gaan deze graslanden over in soortenarme rompgemeenschappen. Het eindstadium van de successie op de laaggelegen uiterwaardvlakten is zachthoutooibos van het type Irido-Salicetum menthetosum, de subassociatie met Watermunt (Mentha aquatica), de typische vorm van de associatie.