## 7.2 Identificatie - deel I

Identificatie van de vier verdachte eiwitten

De resultaten uit het lab zijn binnen: je krijgt een lijstje met stoffen die in de melk zaten. Naast een aantal kleine moleculen, zoals suiker, blijkt dat er een viertal verschillende eiwitten in voorkomen. Deze ga je verder onderzoeken met behulp van de database SwissProt en het zoekprogramma BLAST. In je werkdocument vind je het 'CSI GENOMICS FORMULIER SCREENING VERDACHTE EIWITTEN', waar je de opdracht in kan maken.

Om je kennis te laten maken met het zoekprogramma BLAST leggen we eerst voor eiwit kandidaat 1 uit welke stappen uitgevoerd moeten worden. Daarna kun je kandidaat 2, 3 en 4 zelf doen en uitzoeken welk van de vier eiwitten schuldig is aan de dood van de toerist.

BLAST is een programma waarmee je een eiwitsequentie kunt vergelijken met alle eiwitsequenties in de database SwissProt. Deze database bevat alle eiwitsequenties die de wetenschap op dit moment kent. We zullen BLAST gebruiken vanuit het programma MRS.

Ga als volgt aan de slag:

1. Start MRS.

2. Kies "BLAST" in de balk bovenaan het scherm.

3. Hieronder staan de resultaten uit het lab: de sequenties van de vier eiwitten. Kopieer de aminozuurvolgorde van kandidaat1 in het venstertje van MRS. De eerste regel moet altijd beginnen met een ">" met daarachter de naam van het eiwit (dit is het zogenaamde FastA formaat). Hier is gekozen voor de naam "kandidaat1".

Let op: De aminozuursequenties worden gegeven in 1-lettercode, dit is de notatie die wetenschappers gebruiken. Kijk voor de aminozuren en hun notatie op deze link.

>kandidaat1
RPKHPIKHQG LPQEVLNENL LRFFVAPFPE VFGKEKVNEL SKDIGSESTE DQAMEDIKQM
EAESISSSEE IVPNSVEQKH IQKEDVPSER YLGYLEQLLR LKKYKVPQLE IVPNSAEERL
HSMKEGIHAQ QKEPMIGVNQ ELAYFYPELF RQFYQLDAYP SGAWYYVPLG TQYTDAPSFS
DIPNPIGSEN SEKTTMPLW

>kandidaat2
QYSSNTQQGR TSIVHLFEWR WVDIALECER YLAPKGFGGV QVSPPNENVA IHNPFRPWWE
RYQPVSYKLC TRSGNEDEFR NMVTRCNNVG VRIYVDAVIN HMCGNAVSAG TSSTCGSYFN
PGSRDFPAVP YSGWDFNDGK CKTGSGDIEN YNDATQVRDC RLSGLLDLAL GKDYVRSKIA
EYMNHLIDIG VAGFRIDASK HMWPGDIKAI LDKLHNLNSN WFPEGSKPFI YQEVIDLGGE
PIKSSDYFGN GRVTEFKYGA KLGTVIRKWN GEKMSYLKNW GEGWGFMPSD RALVFVDNHD
NQRGHGAGGA SILTFWDARL YKMAVGFMLA HPYGFTRVMS SYRWPRYFEN GKDVNDWVGP
PNDNGVTKEV TINPDTTCGN DWVCEHRWRQ IRNMVNFRNV VDGQPFTNWY DNGSNQVAFG
RGNRGFIVFN NDDWTFSLTL QTGLPAGTYC DVISGDKING NCTGIKIYVS DDGKAHFSIS
NSAEDPFIAI HAESKL

>kandidaat3
QQNLPQRYIE LVVVADHRVF MKYNSDLNTI RTRVHEIVNF INGFYRSLNI HVSLTDLEIW
SNEDQINIQS ASSDTLNAFA EWRETDLLNR KSHDNAQLLT AIELDEETLG LAPLGTMCDP
KLSIGIVQDH SPINLLMGVT MAHELGHNLG MEHDGKDCLR GASLCIMRPG LTKGRSYEFS
DDSMHYYERF LKQYKPQCIL NKP

>kandidaat4
LIVTQTMKGL DIQKVAGTWY SLAMAASDIS LLDAQSAPLR VYVEELKPTP EGDLEILLQK
WENGECAQKK IIAEKTKIPA VFKIDALNEN KVLVLDTDYK KYLLFCMENS AEPEQSLACQ
CLVRTPEVDD EALEKFDKAL KALPMHIRLS FNPTQLEEQC HI