In dit hoofdstuk ga je een een misdrijf oplossen met behulp van bioinformatica. Hieronder staat de zaak beschreven.
Inleiding
Als lid van het CSI-genomics team ben je opgeroepen om te assisteren bij een crimescene. Er is een lijk van een Amerikaanse toerist gevonden op het vliegveld. Hij ligt in een soort kramp en heeft inwendige bloedingen. Naast hem is een flesje gevonden waaruit hij blijkbaar gedronken heeft, met daarin nog een restje vloeistof dat lijkt op melkresten. De vloeistof gaat naar het lab. Zodra de resultaten bekend zijn, worden ze aan je doorgestuurd. Jij hebt de taak om te onderzoeken of je aanwijzingen kunt vinden voor de dood van de Amerikaan.
Achtergrondinformatie
Het onderwerp van dit practicum is bioinformatica, het gebruik van computers bij het zoeken naar en bestuderen van informatie over genen, nucleïnezuren en eiwitten. Terwijl je aan het speuren bent naar een aantal mysterieuze eiwitten zul je in het practicum een aantal tools en databanken uit de bioinformatica gebruiken, namelijk:
- SwissProt, de databank met alle honderdduizenden eiwitsequenties die we tot nog toe kennen.
- BLAST, het programma om eiwitsequenties in de database SwissProt te vinden die heel veel lijken op (of gelijk zijn aan) de sequentie die je ingevoerd hebt.
- MRS, het zoeksysteem waarmee je zowel SwissProt als BLAST kunt gebruiken.
Dit practicum is een bewerking van het practicum 'Speur surfend in je genen' van de reizende DNA-labs en het Netherlands Bioinformatics Centre (NBIC). http://www.nbic.nl/.
Meer informatie over dit practicum, de lesmaterialen en tools vind je op: http://www.bioinformaticaindeklas.nl/.