## 6.4 Een gen of eiwit vinden

Even oefenen

Een lange reeks basen heeft, zoals je hebt gelezen, meerdere reading frames (ORF). Vul in de volgende tabel de drie mogelijk aminozuurketens in. Verdeel de gegeven DNA-sequentie in tripletten; dit kan op drie manieren. In frame 1 vul je de aminozuurketen in die ontstaat als de DNA-sequentie vanaf de eerste nucleotide wordt afgelezen. In frame 2 begin je bij de tweede en in frame 3 bij de derde. Geef de aminozuren aan met hun eenletterige symbool (kijk in BINAS 70E of BioData 5.7).

Plaats hier je muis

Dit is natuurlijk niet te doen bij lange reeksen basen. In de bioinformatica wordt gebruik gemaakt van een programma dat ORF's zoekt.

Een eiwit vinden

Haal de sequentie (FASTA format) ‘Reading Frame 01’ van vaklokaal NLT. Klik hiertoe op het kopje sequenties en vervolgens op ‘reading frames’. Kopieer de sequentie (digitaal) en plaats deze in de tool: ORF Finder.

Voer de randvoorwaarden in zoals in de onderstaande figuur is weegegeven.

Klik dan op submit en de ORF Finder geeft aan waar in de gegeven sequentie een ORF gevonden is. Ga dit na voor de drie frames van de forward strand (direct strand) en voor de drie frames van de reverse strand. Let op de ORFs staan niet van groot naar klein gesorteerd.

Zoek het grootste ORF. Als je niet zo snel kunt zien welke ORF het grootste is, kun je gebruik maken van een andere ORF Finder. Plak daar de nucleoridesequentie in en druk vervolgens op OrfFind. Vervolgens verschijnen van boven naar beneden de gevonden ORFs van groot naar klein. + beteket de formward strand en - de reserve strand.

Kopieer de langste nucleotidesequentie naar het programma BLAST. Klik eerst op human en vervolgens op blast. Plak de sequentie in het lege witte vak en klik op BLAST.

Komt het overeen met een humaan gen of een deel ervan?

Ga verder met het volgende hoofdstuk om erachter te komen wat BLAST is en om daarmee te oefenen.