Het Holoceen is de relatief warme periode waar we ons nog steeds in bevinden en waarin de mens in zeer korte tijd doordrong in alle delen van het Nederlandse landschap. Dat de mens in deze periode in toenemende mate zijn stempel op het landschap wist te drukken komt tot uiting in de huidige vorm van onze kust, de loop van de rivieren, de variatie aan landschappen en de samenstelling van flora en fauna: deze zijn voor een groot deel het resultaat van menselijk ingrijpen.
In de beginfase van het Holoceen steeg de zeespiegel snel. Ongeveer zevenduizend jaar geleden lagen grote delen van het huidige West-Nederland in zee en was er sprake van een brede waddenkust. Aan de landkant van de kustvlakte ontwikkelden zich zoetwatermoerassen, die het hele laagland besloegen toen de zeespiegelstijging eenmaal afnam. Voor de bedijkingen was het rivierengebied een speels en dynamisch terrein met rivierlopen en oeverwallen & naast moerassige komgronden &. Op de hogere zandgronden ontwikkelden zich gematigde eiken- en lindebossen en hoogveenmoerassen &.
In de loop van het Holoceen verdwenen veel grote dieren uit het landschap door onder andere verlies van leefomgeving en overbejaging. Met de mens verschenen nieuwe bewoners van ons landschap, zoals koeien, varkens en schapen. Bossen werden steeds verder teruggedrongen en vervangen door halfopen cultuurlandschappen. Het hierboven geschetste beeld van halfopen cultuurlandschap met bosweides is het landschapstype dat Staatsbosbeheer nu met de Oostvaardersplassen voor ogen heeft. De ontbossing bereikte zijn hoogtepunt in de middeleeuwen. Op de ontbossingsplaatsen ontstonden heidevelden en zandverstuivingen.
In het begin van het Holoceen lag de zeespiegel dertig tot veertig meter lager en lag de kust veel verder noordwestwaarts dan tegenwoordig, maar door water afkomstig van smeltende landijskappen stegen de waterstanden wereldwijd in rap tempo. De zee naderde vanuit het Kanaal en vanuit het noordwesten. De eerste duizend jaar van het Holoceen bestaat Nederland wat planten betreft uit een nogal soortenarm landschap, gedomineerd door berken, dennen en kruiden als heide. De beginperiode van het Holoceen valt in de Midden-Steentijd. De mensen speelden toen nog een bescheiden rol in het landschap. Het waren kleine groepjes jagers/verzamelaars die niet aan een vaste plaats waren gebonden. Ze namen wat ze aan voedsel en grondstoffen nodig hadden uit de natuur en waren een veel minder dominante factor binnen het ecosysteem dan de moderne mens.
Ongeveer duizend jaar na het begin van het Holoceen komen eik, els, hazelaar en iep sterk op en worden de Nederlandse bossen meer divers van samenstelling. Tegelijkertijd verliezen den en berk terrein. Bekende bewoners van ons land, zoals everzwijn, ree en vos, liepen in de bossen rond, maar ook bruine beer, edelhert, eland, oeros en wolf - dieren die grote uitstervinggolf van de laatste ijstijd hadden overleefd - voelden zich in Nederland thuis.
In de loop van het Holoceen werd de samenleving steeds complexer en de mens breidde zijn leefgebied steeds verder uit. De laaglandgebieden van Nederland werden steeds vaker bezocht en uiteindelijk permanent bewoond door mensen. Het was een ideaal jachtgebied, vooral in seizoenen zoals de herfst, waarin zich in de drassige kuststreken duizenden watervogels verzamelden die op trektocht waren naar het zuiden.
Het middendeel van het Holoceen valt samen met de Jonge Steentijd. In deze periode deed de landbouw zijn intrede, het eerst in Zuid-Limburg, later op de hoge zandgronden van Oost- en Zuid-Nederland en nog later in de kustgebieden en laaglandmoerassen. Door het verbouwen van voedsel raakten mensen meer gebonden aan vaste woonplaatsen.
In het Neolithicum bereikte de zeespiegel zijn huidige stand. Grote delen van West-Nederland waren onderdeel van een waddengebied, maar door opslibbing en de vorming van veen werd de kustlijn weer naar het westen en noorden gedreven.
Tijdens de bronstijd nam het landbouwareaal duidelijk toe. Dit is bijvoorbeeld te zien in de toename van stuifmeelkorrels (pollen) van landbouwgewassen, zoals emmer en eenkoorn (beide granen met weinig zaden op de halmen), die in opgegraven nederzettingen worden aangetroffen. In de bronstijdafzettingen zien we het aandeel aan pollen van bomen verminderen, wat wijst op het in toenemende mate kappen van bossen. Rond 2000 v. Chr. slibde de kustvlakte helemaal dicht en nam de invloed van de zee af.
In de ijzertijd (ca. 1200 - 800 v. Chr.) kwam het Nederlandse laagland weer vaker onder invloed van de zee: tijdens regelmatig optredende overstromingen raakten stukken kust overspoeld.
Pas in de middeleeuwen (450-1500), vooral in de late middeleeuwen (1050-1500), werden de aanwezige veenmoerassen ontgonnen. Langs rivieren en de kust werden dijken aangelegd en veengebieden werden ontwaterd door het graven van sloten, waarmee ze toegankelijk werden voor permanent gebruik. Nederlanders zetten het land steeds meer naar hun hand. Dat deden ze zo efficiƫnt dat bossen grotendeels verdwenen. Kusterosie nam toe, waardoor er meer zand beschikbaar kwam voor duinvorming. In deze periode ontstonden de hoge duinen. Als gevolg van de actieve duinvorming werden veel oude cultuurlandschappen overstoven. Pas in de negentiende eeuw werden de hoogveengebieden ontgonnen. Met de industriƫle revolutie kwam het stedenlandschap tot ontwikkeling en groeide Nederland uit tot een van de meest verstedelijkte landen ter wereld.
Een geologische blik op de nabije toekomst leert dat er drie zaken zijn die in Nederland spelen: