Klimaat
Het Holoceen is een tussenijstijd. In het Vroeg-Holoceen was er nog het laatste staartje merkbaar van de mondiale opwarming na de laatste ijstijd. Het overgrote deel van het Holoceen is klimatologisch behoorlijk stabiel. Binnen het Holoceen zijn er wereldwijd, maar ook in Nederland, nog wel merkbare kleinere variaties geweest. Zo is er vroeg in het Midden-Holoceen (9200-5700 jaar geleden) een natte periode geweest die vrijwel zeker heeft bijgedragen aan een grote uitbreiding van het hoogveenareaal. Ook zijn er relatief kleine verschillen geweest in jaartemperaturen. Een bekend voorbeeld is de 'kleine ijstijd', tussen de vijftiende en negentiende eeuw. De gemiddelde jaartemperatuur lag toen ongeveer een halve graad onder het gemiddelde in het Holoceen. De beduidend strengere winters in die periode vinden we nog terug op schilderijen waarin heel Nederland op het ijs lijkt te leven.
Leven
Tijdens het Holoceen ontwikkelden zich op uitgebreide schaal kwelders in de kustzone. Ze waren rijk aan watervogels. In ondiepe kustwateren kwamen zeegrasvelden voor. In zoetwatergetijdegebieden ontstonden wilgenbossen. Landinwaarts lagen uitgestrekte laagveenmoerassen, waarin bijvoorbeeld berken, elzen en populieren en uitgestrekte rietlanden voorkwamen. Dit laagveen was gebonden aan grondwater. Zodra het veenpakket omhoog groeide, kwam het buiten het bereik van grondwater. Als er veenmos (Sphagnum) groeide kon lokaal op laagveen hoogveen tot ontwikkeling komen. Hoogveen gedomineerd door zegge en veenmos kwam uitgebreid voor op de hoger gelegen zandgronden waar regenwater door de samenstelling van de bodem slecht werd afgevoerd (bijvoorbeeld omdat er een keileemlaag onder het zand lag). Op de beter gedraineerde zandgronden, zoals op de stuwwallen en langs rivieroevers, ontstonden eiken-hazelaar- en beukenbossen. In het Limburgse heuvelland stonden ook lindebossen.