In eenvoudige gevallen is bij alkenen de cis-trans-nomenclatuur zonder verwarring bruikbaar.
Als aan een dubbele binding drie of vier verschillende groepen zitten, is niet altijd duidelijk welke configuratie we cis en welke we trans noemen. Daarom gebuiken we voor alkenen bij voorkeur de systematische Z/E nomenclatuur. Voor cyclische verbindingen gebruiken we altijd de termen cis en trans.
Voor de Z/E -nomenclatuur gelden de volgende regels:
Bepaal de rangorde. Dit is de volgorde van de twee aan hetzelfde C-atoom gebonden atomen volgens afnemend atoomnummer.
De configuratie van de structuur met de twee atomen met het hoogste atoomnummer aan dezelfde kant van de dubbele binding noemen we de Z-configuratie (van 'zusammen'). Bij de E-configuratie (van 'entgegen') zitten de twee groepen met het hoogste atoomnummer aan weerszijden van de dubbele binding.
Bijvoorbeeld: ( E ) en ( Z ) 1-broom-1-chloorpropeen
Aan het rechter C-atoom van de dubbele binding heeft het koolstofatoom van de methylgroep een hoger atoomnummer dan het waterstofatoom. Aan het linker C-atoom heeft het broomatoom een hoger atoomnummer dan het chlooratoom.
Indien twee atomen gelijke atoomnummers hebben is uitbreiding van de regels noodzakelijk om de rangorde vast te stellen. Kijk dan naar het volgende hieraan gebonden atoom met het hoogste atoomnummer, totdat een beslissing over de rangorde is gevallen. Bijvoorbeeld ( E ) en ( Z ) 3-methylpent-2-een.
Bij 3-methylpent-2-een is cis-trans -toekenning niet eenduidig: kijk je naar de methylgroepen, dan zou je de linkerstructuur cis noemen; kijk je echter naar de segmenten van de langste koolstofketen dan is de linkerstructuur trans.