Spiegelbeeldisomeren kunnen we op verschillende manieren aanduiden:
naar hun moleculaire configuratie :
D of L, met name in de biochemie (aminozuren en suikers).
R of S , in de chemie. Het is namelijk lang niet altijd duidelijk welke configuratie we D en welke we L moeten noemen.
naar hun optische rotatie , (+) of (-).
Het toekennen van de naam aan een bepaalde configuratie is gebaseerd op internationale afspraken. Hoe de afspraken voor D en L luiden behandelen we hier niet. De R,S -notatie is altijd ondubbelzinnig.
NB: De configuratie van de moleculen zegt niets over richting van de optische rotatie van de stof.
Configuratie R of S
De toekenning van de R- en S- configuratie vindt plaats volgens een bepaalde rangorde. Dit is de volgorde van de verschillende atomen volgens afnemend atoomnummer: Br > Cl > F > O > N > C > H (net als bij de Z/E -notatie van cis-trans- isomeren).
Plaats het molecuul zodanig in de ruimte dat het atoom met het laagste atoomnummer van je afligt.
Bepaal de richting van afnemend atoomnummer van de overige drie atomen.
Is deze draairichting volgens de wijzers van de klok, dan noemen we de configuratie R ( R van rectus = rechts). Is de draairichting tegen de wijzers van de klok in, dan noemen we de configuratie S ( S van sinister = links).
Indien twee atomen gelijke atoomnummers hebben is uitbreiding van de regels noodzakelijk teneinde over de rangorde van de groepen te kunnen beslissen. Het gaat hier te ver om daar verder op in te gaan. De regels staan bekend als de regels van Cahn, Ingold en Prelog. Ze zijn geformuleerd in 1966 in het tijdschriftAngewandte Chemie.