De elektroforese-apparatuur bestaat uit twee perspexbakjes (14 cm x 6 cm x 6 cm), bevestigd op een grondplaat elk voorzien van een 20 cm lange platina- draad (als elektrode) met aansluitklemmen. Als lijmmiddel kan chloroform gebruikt worden. Over de bakjes wordt een glasplaat (22 cm x 12 cm) gelegd. Bij gebruik moet als afscherming een plastic bak over het geheel worden geplaatst, zie tekening hierboven.
Vul de elektroforesebakjes voor ongeveer de helft met de oplossing met pH = 6,5.
Knip stroken elektroforesepapier van 10 cm x 35 cm (het papier mag alleen met rubber handschoenen aan worden vastgepakt!) en breng de verschillende aminozuuroplossingen met pH = 6,5 met een pipetje in het midden van het elektroforesepapier naast elkaar aan. Stip één keer aan, zodat een vlekje van ongeveer 3 mm diameter ontstaat, zie tekening hieronder.
A = Lysine
B = glutaminezuur
C = alanine
D = mengsel van alanine, glutaminezuur en lysine
Droog de vlekken met de föhn; bevochtig het papier met de oplossing met pH = 6,5 door de uiteinden in de
oplossing te drenken. De opbrengpunten mogen niet in de oplossing komen.
Leg het papier op de glasplaat van het elektroforesebakje. De uiteinden van het papier moeten in de oplossing hangen. Plaats de beschermkap over het elekroforeseapparaat en sluit de gelijkspanningsbron van 300 V (4- 8 mA) aan.
Laat de elektroforese 30 minuten duren (opmerking 1).
Droog het papier dan met de föhn; haal het vervolgens door de ninhydrine-oplossing en droog nogmaals. Gebruik hierbij rubber handschoenen.
Herhaal het experiment met de oplossing met pH = 1,6. De elektroforesetijd is hierbij 45 minuten.
Opmerking 1.
Een geringe verplaatsing van alanine bij pH = 6,5 is een gevolg van elektro-osmose. Het water wordt ten opzichte van het papier enigszins positief geladen en beweegt naar de - pool waarbij het de opgeloste
stof meeneemt.