De absorptie van licht in een AAS is afhankelijk van vele factoren:
Er zijn niet veel atomen in de vlam waardoor de gevoeligheid relatief laag is.
De brandstof die gebruikt wordt voor de vlam is van invloed.
De volledigheid van de verbranding (zuurstof/brandstof verhouding).
De aanwezigheid van metaaloxiden, deze zijn erg stabiel waardoor deze niet gemeten wordt.
Interferentie door emissie van straling door de metaaldeeltjes in plaats van absorptie. Deze emissie draagt bij aan de intensiteit van het licht dat op de detector valt.
Aanwezigheid van andere atomen met absorptiegebieden die in de buurt van het absorptiegebied van het analyt vallen.
Mogelijke aanwezigheid van niet vluchtige zouten (sulfaten en fosfaten).
Gelukkig is een deel van deze zaken te ondervangen door aanpassingen aan de methodes en apparatuur.