Op het moment dat Japan Nederlands-Indië had veroverd nam het nationalisme flink toe onder de Indonesische bevolking. Japan had namelijk belooft dat Indonesië uiteindelijk onafhankelijk zou worden. Om deze reden werkte Soekarno samen met de Japanse bezetter. Hierdoor werd hij door de Nederlanders als een verrader gezien.
De oorspronkelijk bevolking van Indonesië zag de Japanners in eerste instantie ook als bevrijders. De Nederlanders werden opgesloten in interneringskampen en werden gedwongen tot arbeid, maar later moesten ook Javaanse mannen verplicht arbeid leveren. Hierdoor nam de populariteit van de Japanners af.
Aan het einde van de oorlog werd Soekarno lid van het Onderzoekscomité ter voorbereiding op de Indonesische onafhankelijkheid (BPUPK). Nadat Japan zich volledig had overgegeven werd het comité omgedoopt tot het Voorbereidend Comité voor de Indonesische Onafhankelijkheid (PPKI). Soekarno werd voorzitter van dit comité.