In het centrum van de morula ontstaat een met vocht gevulde holte, blastocoel. De totipotente cellen van de morula gaan zich nu differentiëren (figuur 3.2). De buitenste cellen strekken zich en vormen de trofoblast. De binnenste cellen worden door het vocht van de blastocoel naar één plaats, excentrisch, gedreven. Dit wordt wel de embryonale pool genoemd. Deze groep cellen vormt de 'binnenste celmassa' of embryoblast. De embryoblast bestaat uit cellen die zich nog tot ieder celtype kunnen ontwikkelen (pluripotent) en worden daarom embryonale stamcellen genoemd. Op het moment dat er twee verschillende celtypes aanwezig zijn, wordt de vrucht blastula of blastocyst genoemd.
De trofoblast differentieert zich aan deze zijde van de embryoblast in twee structuren: de cytotrofoblast, bestaande uit cellen met kernen, die volgens een mitotisch proces delen, én de syncytiotrofoblast, bestaande uit een webstructuur waarin de wanden van de cellen verdwenen zijn, waarin nog wel celkernen zichtbaar zijn, maar waarin geen mitotische delingen meer plaatsvinden.