Alle informatie die nodig is om de embryogenese goed te laten verlopen, ligt opgeslagen in de bevruchte eicel. De kern van deze cel bevat erfelijk materiaal, het DNA. Dit DNA is georganiseerd in chromosomen en bevat genen die coderen voor eiwitten met verschillende biologische functies. Gedurende de embryonale ontwikkeling, en feitelijk het hele leven, is er sprake van differentiële genexpressie. Dit betekent dat verschillende celtypen, verschillende sets van genen tot expressie (uiting) brengen. Dit betekent ook, dat niet alle aanwezige genen in de celkern actief zijn. Welke genen actief zijn, wordt bepaald door (combinaties van) specifieke transcriptiefactoren (eiwitten die de mate van transcriptie van DNA naar RNA, ribonucleïnezuur, beïnvloeden). Bij de eerste klievingsdelingen na de bevruchting is de genexpressie in de gevormde cellen (blastomeren) niet noemenswaardig verschillend. Gaandeweg echter, gaan cellen aan de rand van de morula (het stadium waarin de vrucht uit zestien of meer identieke cellen bestaat), het toekomstige trofectoderm (= trofoblast), andere genen tot expressie brengen dan de cellen in het binnenste deel, de toekomstige binnenste celmassa. Kenmerkende verschillen zijn de expressie van de specifieke transcriptiefactoren Cdx2 aan de buitenzijde en Oct3/4 aan de binnenzijde van het embryo. Hiermee is de meest prille differentiatie van het embryo in gang gezet. De aan- of afwezigheid van deze specifieke transcriptiefactoren leidt tot verschillen in de expressie van genen in de binnenste, dan wel buitenste cellen. Daardoor veranderen de celeigenschappen ten opzichte van elkaar. Het trofectoderm ontwikkelt tot de voedende (troof betekent voedend) placenta. De binnenste celmassa ontwikkelt zich tot het ‘embryo proper’, het echte embryo.