De thalamus regelt het bewustzijn en waakzaamheid bij schrik of angst
Binnenkomende informatie tijdens stress en angst kan in de hersenen via twee wegen worden verwerkt; Via een korte route (onbewuste) en een lange (bewuste) route.
De thalamus geeft op de korte route snel informatie aan de amygdala, of middels de lange route aan de hersenschors van de voorhoofdskwab. Daar wordt geanalyseerd wat er gedaan moet worden en pas dan wordt de informatie naar de amygdala gestuurd.