Een fylogenetische stamboom geeft een overzicht van de afstammingsgeschiedenis van (een groep) organismen.
Zo’n stamboom kan verticaal of horizontaal worden weergegeven. Dit maakt voor het aflezen geen verschil.
Elk knooppunt stelt een voorouder voor van de lijnen die uit dit punt vertakken.
De lengte van de lijnen zegt niks over de verstreken tijd. Je kunt uit een gewone fylogenetische stamboom dus niet afleiden wanneer welke soort (of groep) is ontstaan, tenzij je er een tijdschaal aan koppelt.
Soorten (of groepen) die uit dezelfde voorouder zijn ontstaan, dus een gezamenlijke voorouder hebben, zijn nauwer aan elkaar verwant dan aan soorten (of groepen) die uit een andere voorouder zijn ontstaan.
Soorten (of groepen) met een gezamenlijke voorouder noem je zustergroepen.