Voordat je organismen kunt indelen, moet je ze eerst met elkaar vergelijken.
Je gaat kijken naar verschillen en overeenkomsten in kenmerken.
Dit kunnen uiterlijke kenmerken zijn, maar ook kenmerken die niet met het blote oog te zien zijn (bijv. DNA).
Organismen die veel overeenkomsten in kenmerken vertonen, dus met andere woorden gemeenschappelijke kenmerken delen, kun je in één groep (taxon) indelen.