In de normale toestand hebben waterstofprotonen een spin die willekeurig gericht is. Je kunt dit zien alsof ze om hun as draaien in verschillende richtingen. De resulterende magnetische veldjes van de protonen (loodrecht op de spin) hebben daarom ook verschillende richtingen. De zgn ‘netto magnetisatie vector’ (de som van alle individuele magnetische vectoren) is daardoor 0.
Vervolgens wordt iemand in de MRI scanner gelegd. De scanner heeft een grote magneet ingebouwd. De sterkte van het magnetisch veld van de scanner wordt weergegeven in T (Tesla). De eerste scanners met medische toepassing hadden een magneet van 0.5 T. Tegenwoordig is 1.5 - 3 T gangbaar. Voor speciale doeleinden zijn er ook scanners met nog hogere veldsterkte. Door het magnetisch veld van de scanner krijgen alle protonen in het lichaam nu een spin om een as die loodrecht staat op het magnetisch veld. Sommige draaien linksom, andere rechtsom. De bijbehorende magnetische veldjes zijn evenwijdig aan het magnetisch veld van de scanner.
Maar: het aantal naar links en rechts is niet gelijk waardoor de netto magnetisatie vector (M0 genaamd) niet meer 0 is, maar nu naar links of rechts wijst.
De netto magnetisatie vector M0 is in deze rustsituatie gericht in de z-richting en heet dan Mz (rode pijl).