MRI scans kunnen op verschillende manieren worden gemaakt. Door enkele parameters van het apparaat in te stellen krijg je een ander beeld, met andere eigenschappen. Zo'n beeld heet een sequentie. De meest gebruikte MRI sequenties zijn: T1 en T2.
Grofweg kun je T1 gebruiken voor het beoordelen van de lokalisatie van een afwijking en T2 voor de uitbreiding van een afwijking. Een T1 na toediening van intraveneus contrast (gadolinium) wordt gebruikt voor de beoordeling van de integriteit van de bloed-hersen barriere. Bij verlies van deze integriteit lekt er contrast uit de vaten naar de omgeving en dit wordt in beeld gebracht door de scan. Dit is nuttig bij hersentumoren en vermoeden op infecties.
Op een T1-gewogen beeld is liquor donker, en op een regulier T2-gewogen beeld is liquor wit.
Op indicatie kunnen nog andere sequenties worden gemaakt:
MRA: magnetic resonance angiography; voor beoordeling van morfologie en doorgankelijkheid van bloedvaten
DWI: diffusion weighted imaging; voor beoordeling van vrije beweging van watermoleculen.
PWI: perfusion weighted imaging; voor beoordeling van de microvascularisatie