Bij het ecologie is het belangrijk om systeemgericht te denken. Een ecosysteem is een systeem met daarbinnen samenhang tussen verschillende biotische en abiotische factoren. Tussen deze factoren is er een samenhang. Eén van de belangrijke begrippen binnnen Aquatische Ecologie is waterkwaliteit. Wat waterkwaliteit precies is kan op verschillende manieren worden benaderd.
Als je kijkt naar de aanwezigheid van stoffen noemen we het chemische waterkwaliteiten.
Je kunt ook kijken naar de aanwezigheid van organismen, dan spreken we van de biologische waterkwaliteit.
Er zijn verschillende waterwetenschappen.
De eerste van de waterwetenschappen is hydrologie. Hydrologie houdt zich vooral bezig met de eigenschappen van water en de beweging van water in en op het aardoppervlak. Hydrologie heeft verschillende vakgebieden:
De waterkwaliteit omvat twee verschillende kennisvelden. Milieuchemie richt zich vooral op de stoffen in het milieu. Denk daarbij voornamelijk aan de aanwezigheid of afwezigheid van meststoffen. Dat is belangrijk want een groot deel van de wateren heeft een overschot aan meststoffen.
Bij ecotoxicologie wordt er vooral gekeken naar de aanwezigheid van giftige stoffen. Giftige stoffen kunnen afkomstig zijn van de mensen, maar ook andere organismen kunnen gifstoffen produceren. Denk bijvoorbeeld aan blauwalgen.
Aquatische ecologie gaat over de organismen die in een watersysteem leven en de invloed die de organismen op elkaar hebben. Een ander woord voor Aquatische Ecologie is lymnologie.