Sterke Niños hebben niet alleen verwoestende gevolgen voor hun omgeving, maar hebben ook invloed op het wereldwijde klimaat. Een sterke El Niño zal het zeewater in delen van de Grote Oceaan gemiddeld 2,5 graden opwarmen. Het duurt een jaar of twee voordat deze stijging volledig is afgezwakt, maar in de tussentijd zorgt een El Niño voor een kleine stijging in de gemiddelde mondiale temperatuur.
Klimaatexperts doen ook onderzoek naar het effect van de opwarming van de aarde op El Niño en La Niña. Verschillende klimaatmodellen geven hierover geen eenduidig beeld. Aan de ene kant zijn er wetenschappers die zeggen dat elke El Niño anders is, waardoor het moeilijk te zeggen is hoe ze samenhangen met andere factoren.
Aan de andere kant zijn er klimaatmodellen gemaakt die teruggaan naar pre-industriële tijden; deze modellen laten zien dat extreem sterke Niños tussen 1900 en nu steeds vaker voorkwamen. De voorspellingen die vanuit deze modellen gemaakt worden, geven dan ook aan dat sterke Niños in de toekomst niet meer “extreem” zullen zijn, maar juist de norm.