De gevolgen van El Niño gaan veel verder dan wat regen of droogte. De tijdelijke opwarming van de oceaan heeft – zowel op meer directe als op meer indirecte manieren – allerlei gevolgen voor het weer en voor de omgeving. De vissers die El Niño zijn naam gaven, merkten al een van die gevolgen: warmer zeewater – minder opwellend koud water dat voedingsstoffen die ooit waren gezonken omhoogbrengt - bevat minder voedingsstoffen voor vissen, waardoor vissers hun inkomsten mislopen.
Het sterkste effect van warmer zeewater op de omgeving is een gevolg van het feit dat warmer zeewater sneller verdampt. Deze grotere luchtvochtigheid zorgt voor een enorme toename in de hoeveelheid neerslag. De bodem kan de neerslag niet aan. Overstromingen, aardverschuivingen en modderlawines vormen een gevaar in bewoonde gebieden. De hoge luchtvochtigheid na een toename in regenval creëert ook een ideale omgeving voor muggen, die in deze omstandigheden sneller ziektes kunnen verspreiden.
Waar El Niño in Zuid-Amerika voor overstromingen zorgt, veroorzaakt het aan de andere kant van de Grote Oceaan juist tot enorme droogte, van Australië tot Indonesië. Deze droogte kan bijvoorbeeld zorgen voor mislukte oogsten en veesterfte. De bijzonder sterke El Niño van 1997-1998 leidde tot enorme bosbranden in Indonesië. Normaal gesproken doven brandjes in Indonesië snel in het vochtige klimaat, maar door de enorme droogte konden deze branden zich makkelijk verspreiden.
De gevolgen van El Niño verschillen over de hele wereld. Afhankelijk van de precieze locatie van het warme water tijdens een El Niño, kan dit fenomeen ook zorgen voor minder orkanen boven de Atlantische Oceaan, een minder strenge winter in de Verenigde Staten en een iets meer regenachtig voorjaar in Nederland. Deze gevolgen vallen echter in het niet bij de verwoestingen in landen als Ecuador en Peru.