Configuratie-isomeren kunnen slechts in elkaar overgaan door achtereenvolgens verbreking en vorming van één of meer atoombindingen. Een configuratie is een permanente ruimtelijke rangschikking van atomen binnen een molecuul.
We onderscheiden twee belangrijke typen configuratie-isomeren: cis-trans-isomeren en spiegelbeeldisomeren ofwel enantiomeren.