In de dunne darm leven goede bacteriën, ze doen hun aandeel in de spijsvertering en zorgen dat schadelijke bacteriën geen kans krijgen om zich te huisvesten. Daarnaast zitten in de dunne darm ook de Peyerse platen met de speciale M-cellen. Dit zijn immuuncellen die interactie aangaan met de darmbacteriën. De Peyerse platen zijn zeer van belang voor het immuunsysteem : ze polsen non stop de inhoud van de darm en kunnen zo de juiste immuunreactie op gang brengen. In en tussen de platen zitten actieve immuuncellen zoals M-cellen, maar dieper zitten ook de macrofagen, dendritische cellen, B cellen en T cellen. De Peyerse platen zijn erg klein.