Net als de vlokkentest gebeurt een vruchtwaterpunctie of amniocentese alleen als er een dringende reden voor is.
Er kunnen genetische en chromosomale afwijkingen mee worden opgespoord, door onderzoek van in het vruchtwater drijvende kinderlijke cellen. Ook kan het vruchtwater op chemische stoffen worden onderzocht waarmee aandoeningen als syndroom van Down en spina bifida (open ruggetje) ontdekt kunnen worden. Bij dit onderzoek wordt wat vruchtwater afgenomen met een holle naald door de buikwand heen. Dit onderzoek kan pas vanaf de 14e tot 16e week worden gedaan. Bij dreigende premature geboorte wordt dit onderzoek ook gedaan, maar dan om te kijken of de longen van het kind rijp genoeg zijn. Als de longen rijp genoeg zijn kan het kind geboren worden, anders probeert men de baring nog enkele dagen af te remmen.