Bacteriƫn, virussen en schimmels kunnen zich ook bevinden in de vervoersmiddelen van de paarden, zoals trailers en vrachtwagens. Het is daarom van belang om ook aandacht te besteden aan de reiniging en ontsmetting van deze vervoersmiddelen.
Na gebruik van de vervoersmiddelen dienen de mest en natte plekken verwijderd te worden. Vervolgens wordt het gedeelte waar de paarden gestaan hebben schoongespoten en de wanden worden tevens met water, en eventueel met een borstel om het aangekoekte vuil te verwijderen, schoongemaakt. Alle verwijderbare voorwerpen die bij het vervoermiddel behoren, worden verwijderd en apart gereinigd.
Ook de buitenzijde van het vervoersmiddel en eventueel de cabine, in geval van een vrachtwagen, dienen regelmatig gereinigd te worden.
Naast het reinigen van de binnenzijde dient deze ook regelmatig ontsmet te worden. De ontsmetting kan pas plaats vinden nadat de reiniging op adequate wijze is geschied en alle vuil- en of vetresten zijn verwijderd. Voor het aanbrengen van een ontsmettingsmiddel moet het overtollige water zoveel mogelijk afgevoerd worden. De ontsmetting vindt plaats in een logische volgorde van handelen, waarbij van boven naar beneden en van binnen naar buiten wordt gewerkt. Alle verwijderbare voorwerpen die bij het vervoermiddel behoren worden verwijderd en apart gereinigd.

In periodes waarin we te maken hebben met besmettelijke ziekten en het vervoersmiddel komt op andere plaatsen waar paarden of vee gehuisvest zijn, is het raadzaam om tevens de banden en wielkasten te reinigen en ontsmetten. Ook laadkleppen, opstaptreden en matjes in de cabine van de vrachtwagen dient men dan te reinigen en ontsmetten. Dit om verdere overdracht van ziekten te voorkomen. Alle verwijderbare onderdelen worden eerst verwijderd en apart gereinigd en ontsmet.
