Het beginpunt van de boom, bijvoorbeeld de map op het hoogste niveau, noemen we de wortel of root. In Linux spreek je over de root directory, aangegeven als /.
Het kind b.txt van knoop a geef je aan met de padnaam a/b.txt. Meer algemeen kunnen we een bestand in een hiërarchisch filesysteem aanduiden door het pad van de wortel (root directory) naar het bestand. Dit heet de absolute padnaam. Als a een map is in de root directory, dan vormt /a/d/f.txt de absolute padnaam van het bestand f.txt. Een padnaam die niet begint met de wortel is een relatieve padnaam. Voorbeeld: d/f.txt is de relatieve padnaam van f.txt gerekend vanuit a.
Padnamen kom je ook tegen in URL's in het web.
De bovenliggende map noem je de ouder-knoop: de parent directory. Deze geef je in Linux (of Unix, OS X) aan als “..” . Ook deze kun je in een padnaam gebruiken: vanuit map d geeft ../c.txt het pad naar c.txt. In dit geval is er sprake van een relatieve padnaam.
Een andere manier om een boomstructuur weer te geven is horizontaal: de wortel staat dan links boven, en de kinderen ingesprongen daaronder. Soms is het mogelijk om een subboom in- en uit te klappen.
Merk op dat een map leeg kan zijn: deze bevat dan geen mappen of gewone bestanden.