Q-koorts is niet altijd te herkennen. Meer dan de helft van de mensen met Q-koorts heeft geen klachten. De mensen die wel klachten hebben, hebben vaak griepachtige ziektebeeld. Soms verloopt Q-koorts ernstiger. Dan begint de ziekte in korte tijd met heftige hoofdpijn, hoge koorts en een longontsteking met droge hoest en pijn op de borst. De bacterië kan een lever onsteking veroorzaken. Deze klachten komen ook bij andere ziektebeelden voor. Mannen hebben vaker last van Q-koorts dan vrouwen en ook mensen die roken worden vaker ziek. Veel mensen die Q-koorts hebben gehad, zijn daarna nog langere tijd moe. Wanneer er ziekteverschijnselen optreden gebeurd het gemiddeld 2 tot 6 weken na de besmetting.
Soms kan Q-koorts tot een chronische infectie leiden. Dan is er vaak een ontsteking aan het hart. Chronische Q-koorts komt meestal voor bij patiënten met een afweerstoornis en hartpatiënten. Bij zwangere vrouwen kan een eerder doorgemaakte Q-koortsinfectie tot chronische Q-koorts leiden.