De diagnose is niet eenvoudig te stellen gezien de symptomen van uiteenlopende aard zijn en de ziekte vrij zeldzaam is. De gespecialiseerde labo-onderzoeken zijn frequent vals-positief of vals-negatief. Meestal zal de dierenarts proberen om andere oorzaken van ziekte uit te sluiten alvorens ze gaan behandelen tegen borreliose.