In januari 1939 viel Barcelona en de republikeinse weerstand stortte in. Tienduizenden mensen vluchtten de Pyreneeën over. Binnen de eerste vijf dagen na de inname van Barcelona werden door de nationalisten al ongeveer 10.000 mensen zonder proces geëxecuteerd. De vluchtelingen die richting de Franse grens vluchten, werden beschoten door de Duitse luchtmacht. Na de inname van Barcelona probeerden de nationalisten alle boeken te verbranden die door de katholieke kerk verboden waren. De nationalistische regering verbood het communiceren in de Catalaanse taal. Op 27 februari 1939 erkenden Frankrijk en Groot-Brittannië het Franco-regime als de wettelijke regering van Spanje.
Na de burgeroorlog werden de privileges van de Katholieke Kerk hersteld. Alle bestaande burgerlijke huwelijken werden ongeldig verklaard, waarna de burgerlijk getrouwde echtparen voor de kerk moesten trouwen om een geldig huwelijk te hebben. Echtscheiding werd afgeschaft. Onderwijs kwam onder controle van de kerk. De kerk besloot wat gecensureerd werd op cultureel en literair gebied. Ook kreeg de kerk een hoge belastingvrije subsidie van het regime. Vrouwen mochten niet buiten huis werken met uitzondering van vrijwilligerswerk bij bepaalde organisaties. Franco verbood daarnaast ook de openbare godsdienstuitoefening van protestanten.
Er werd een totalitair regime tot stand gebracht met de basisbeginselen van het fascisme. Francisco Franco werd de hoogste leider met alle macht in het land. Het land werd na de Burgeroorlog bestuurd door één man, Franco waarbij alle vormen van verzet werd onderdrukt. Een moeilijke periode in de geschiedenis van Spanje begon hier feitelijk mee.