Na de nagisting/lagering moet het bier gebotteld worden. Om voldoende koolzuur in het flesje te hebben moet je suiker toevoegen aan het bier. Het koolzuur dat tot nu toe gevormd is, heeft steeds kunnen ontsnappen via het waterslot. Door het flesje te sluiten kan het koolzuur niet meer weg en wordt het koolzuur opgenomen in het bier. De toegevoegde suiker geeft geen dus geen zoete smaak aan het bier maar koolzuur en wat meer alcohol.
De hoeveelheid suiker die je moet toevoegen is afhankelijk van het biertype en je persoonlijke smaak, Engelse biertypen hebben maar weinig koolzuur, Een tripel en weizen daarentegen zijn meestal rijk voorzien van koolzuur. Als leidraad geldt dat je tussen de 5 en 8 gram suiker per liter moet toevoegen.
Het toevoegen van de suiker kan op een tweetal manieren. Allereerst noem ik de methode met een bottellepeltje. De suiker wordt daarbij met een lepeltje en trechter aan ieder flesje afzonderlijk toegevoegd. Je zult wel op zoek moeten naar een lepeltje met de juiste maat. Schep daarvoor een 10 keer een lepeltje suiker en weeg dat af. Op deze manier weet je hoeveel suiker je gemiddeld per lepeltje aan het bier geeft. Als je meer of minder suiker wilt geven zul je op zoek moeten naar een ander lepeltje.
De andere methode bestaat uit het oplossen van de totale hoeveelheid suiker en deze oplossing vermengen met het bier. Dat vermengen doe je door eerst de suikeroplossing in een schoon en gedesinfecteerd bottelvat te gieten. De suikerlossing mag niet te dik zijn omdat anders de vermenging niet goed verloopt. Vervolgens hevel je het te bottelen bier over in het bottelvat. Het is handig als onder in het bottelvat een kraantje zit zodat je van daaruit het bier kunt bottelen. Het voordeel van deze methode is dat je heel precies de hoeveelheid bottelsuiker kunt sturen. Bij een goede vermenging heeft elk flesje even veel koolzuurdruk. Ook is deze methode handig als je flessen met verschillende inhoudsmaten bottelt.
Naast de suiker hoef je geen extra gist toe te voegen tijdens het bottelen onder voorwaarde dat het bier niet te lang gelagerd heeft. Maar dat is iets wat je sowieso niet moet doen. Indien je er toch voor kiest gist toe te voegen houd dan de hoeveelheid beperkt. Hoe meer gist je toevoegt des te meer gist je onder in de fles zult gaan krijgen. Hierdoor kun je een gistachtige/zwavelachtige smaak krijgen.
Bij het bottelen kun je gebruik maken van een zogenaamd vulpijpje. Dat is een simpel plastic pijpje met een vlottertje met een pinnetje aan de onderkant. Het bier stroomt alleen door het pijpje als het pinnetje tegen de bodem van de fles of de rand van de fles komt. Dat laatste is handig voor het verder afvullen van een flesje. Jammer genoeg kan het per ongeluk tikken van het pinnetje tegen de hals van de fles ook zorgen voor knoeierij. Met een beetje oefening gaat het een stuk beter, maar zorg voor de zekerheid wel dat er een emmer met dweil klaar staat.
Doordat het flesje met zo'n vulpijpje van onderen gevuld wordt wordt de kans op zuurstofinslag en overschuimen beperkt en dat is een duidelijk pluspunt. Verder is het lekker snel werken met zo'n vulpijpje.
De flesjes moeten tot zo'n 2 cm onder de flesopening worden gevuld. Bij deze vulhoogte heb je de minste kans dat een fles explodeert in het geval er om welke reden dan ook te veel vergistbare suiker in het flesje zat bij het bottelen.
Voor het sluiten van flesjes met kroonkurken zijn er speciale kroonkurkapparaatjes in de handel. De aanschaf van het statiefmodel verdient de voorkeur boven het handkroonkurkapparaat. Deze is aanmerkelijk prettiger in gebruik en geeft veel minder kans op breuk tijdens het bottelen.
Het bier kan natuurlijk ook gebotteld worden in beugelflesjes. Let er dan goed op dat het rubber van de dop goed schoon is en dat deze geen scheuren vertoont. Zonodig kun je de rubberen ring vervangen.
Het kan een paar weken duren voordat op het bier voldoende koolzuur zit. Eventueel kun je daags na het bottelen (en ook een paar dagen later) even met de flessen op zijn kop schudden. Dit is zeker aan te bevelen voor het geval je de suiker met een lepeltje hebt toegevoegd. Door te schudden zorg je er voor dat de suiker en de gist in het flesje goed vermengd worden. Sommige hobbybrouwers gebruiken een manometer op één van de flesjes om het verloop van de gisting in de fles te volgen.