Alva kon Oranje wel op het slagveld verslaan, maar de belegeringsoorlog tegen de opstandige steden in Holland en Zeeland wist hij niet te winnen. Ook zijn opvolgers boekten geen successen. Bekend werd de belegering van Leiden (zie voorbeeld 1), waar grote hongersnood heerste totdat Willem van Oranje de dijken liet doorsteken en een vloot van geuzenschepen de stad kon bevrijden. De belegeringsoorlog was mislukt.
Willem van Oranje wilde nu calvinisten èn katholieken meekrijgen in de strijd tegen de Spaanse legers. Daarom pleitte hij in zijn propaganda voor samenwerking tussen katholieke en opstandige gewesten om gezamenlijk de Spanjaarden te verdrijven en beide geloven vrijheid te geven. Willem van Oranje pleitte dus voor godsdienstige verdraagzaamheid met als doel door samenwerking de strijd tegen Spanje te winnen. Hij zag de Nederlanden als één natie waarin plaats was voor meer dan één geloof: dat was in die tijd een bijzondere opvatting.
In 1576 leek Oranje’s plan voor samenwerking tegen Spanje succes te krijgen. De slecht betaalde Spaanse troepen begonnen te muiten, ook in de katholieke gewesten: de Spaanse Furie. Oranje wist nu ook de katholieke, niet-opstandige leiders in de zuidelijke gewesten mee te krijgen in de strijd tegen Spanje. Dit verbond werd genoemd: de Pacificatie van Gent.
Afspraak was wel, dat de katholieke gewesten katholiek mochten blijven. Maar van die verdraagzaamheid kwam niets terecht. Radicale calvinisten probeerden toch de macht over te nemen in het katholieke Brabant en Vlaanderen. De katholieke leiders waren woedend en haakten af.
Oranje’s idee van samenwerking was mislukt, de katholieke gewesten in het zuiden deden niet meer mee en sloten zich aaneen in de Unie van Atrecht.
De overgebleven opstandige calvinistische gewesten in het noorden sloten zich nu ook aaneen tot de Unie van Utrecht (1579). Dit was eigenlijk het begin van een onafhankelijke Nederlandse staat.
Maar wie zou daar koning moeten zijn?
Tot nu toe was Oranje in naam nog steeds in naam trouw gebleven aan de Spaanse koning, de strijd richtte zich tegen Alva en diens opvolgers. Maar in 1581 namen de opstandige gewesten officieel afstand van Filips II in het Plakkaat van Verlatinge (zie voorbeeld 3). Ze gingen op zoek naar een protestantse vorst met genoeg prestige om koning te kunnen worden. Helaas, diverse pogingen leverde alleen mislukkingen op. De enige die ten slotte nog in aanmerking kwam, was Prins Willem van Oranje - maar die werd in 1584 vermoord in Delft. De Unie van Utrecht ging verder zonder koning en ontwikkelde zich zo tot een Republiek: een staat zonder koning met burgers aan de leiding.
Nog een tegenvaller voor de Opstand: in 1585 viel Antwerpen weer in Spaanse handen. Deze tegenvaller leverde echter ook nieuwe kansen op. Door de afsluiting van de Schelde kwam de Antwerpse handel stil te liggen. Veel handelaars verplaatsen hun zaken naar het noorden. Daar groeide Amsterdam nu uit tot een steeds grotere handelsstad die Antwerpen snel zou overvleugelen. Amsterdam was in 1578 na veel strubbelingen ook overgestapt naar de kant van de Opstand, de zogenaamde Alteratie (zie voorbeeld 2).
De steun van het sterke, protestantse Engeland tegen Spanje zorgde ervoor dat de Opstand door kon gaan. Oranje’s zonen Maurits en Frederik Hendrik bleken geduchte legeraanvoerders die in de functie van stadhouder veel terrein wisten te veroveren op Spanje. Zonder koning, maar met sterke stadhouders, kon de opstandige Unie zich toch handhaven en vooral vanaf 1588 uitgroeien tot een onafhankelijke protestantse Republiek. In het jaar 1588 werd Spanje's "onoverwinnelijke" vloot, de Armada, vernietigend verslagen (zie voorbeeld 4) en verloor de staat veel van zijn kracht. Toch ging de strijd nog door tot 1648, toen de Vrede van Munster werd gesloten en andere landen de Republiek erkenden als onafhankelijke staat.