Het proces zelf bestond uit een paar hoorzittingen met zowel de aanklager als de beschuldigde die zelf beiden hun verhaal mochten doen aan de inquisitoren. De beschuldigde kreeg iemand uit het tribunaal toegewezen die de beschluldigde moest adviseren om de waarheid te vertellen. Ook was er een ambtenaar aanwezig die notules bijhield. De beschuldigde had twee mogelijkheden om zichzelf te verdedigen tijdens de Spaanse Inquisitie; allereerst het vinden van een getuige in zijn voordeel (abonos), of ten tweede het aantonen van ongeloofwaardigheid van de aanklagende (tachas).
De Spaanse inquisitie is nooit echt geïnteresseerd geweest in de heksenjacht. Hier waren twee redenen voor, ten eerste omdat de katholieke kerk al voldoende zondebokken had aan de Joden en de Moslims, en ten tweede omdat het christendom meer vijanden had buiten het christendom dan binnenin het christendom (als ketters en later heksen).