Door de kritiek van onder anderen Luther en Calvijn ontstonden er godsdienstige geschillen. Doordat veel vorsten zich ook met deze meningsverschillen bemoeien, groeiden ze uit tot politieke tegenstellingen.
Toen in het Duitse Rijk een aantal vorsten de kant van Luther koos, begon keizer Karel V een oorlog tegen hen (1546-1555). De keizer kreeg de steun van enige Duitse vorsten die hem en de Kerk trouw bleven. Het lukte Karel V echter niet van de opstandige vorsten te winnen. Ook in andere delen van Europa leidden godsdienstgeschillen tot burgeroorlogen. De bekendste zijn de burgeroorlogen tussen protestanten en katholieken in Frankrijk en de strijd tussen de Republiek der Verenigde Nederlanden en Spanje (1568-1648).