Bij het construeren van stambomen proberen wetenschappers de evolutionaire relaties daarin weer te geven. Deze methode wordt cladistiek genoemd (clados Gr. betekent tak). Elke tak, een clade, omvat alle soorten die afstammen van een bepaalde voorouder. Zo’n tak heet ook wel een monofyletische groep.
Bij de rode lijntjes in de figuur kun je dus een clade afknippen.
Om een clade te construeren vergelijkt men kenmerken van de bouw, maar ook DNA-sequenties. De meest waarschijnlijke stamboom is zo geconstrueerd dat het minste aantal "stappen" (veranderingen in vorm) vergt om alle onderzochte soorten in een evolutionair verband te brengen. De zo ontstane stamboom heet een cladogram.