Selectie van de juiste stam? Ziektekiemen zoals bacteriën en virussen bevatten antigenen. Bacteriën worden dan ook verzwolgen door fagocyten zoals macrofagen. De macrofaag breekt de ziekteverwekker af en plaatst stukken daarvan op zijn celmembraan. Door virussen geïnfecteerde cellen kunnen ook stukjes van het antigeen op hun celmembraan plaatsen. In beide gevallen ontstaan een Antigeen Presenterende Cel (APC). Deze stukken werken als antigenen en worden ingebouwd in glycoproteïnen. Bij ons heten die glycoproteïnen deHLA’s (Human Leucocyte antigens). De taak van die glycoproteïnen is om de antigene determinant zo op de T-celreceptoren te krijgen dat er een verschil kan worden gemaakt tussen lichaamseigen en lichaamsvreemd. De code voor de glycoproteïnen zit in het deel van het genoom dat Major Histocompatibility Complex wordt genoemd (MHC). De algemene naam voor deze moleculen is dan ook MHC-eiwitten.
Er zijn twee groepen MHC-eiwitten. De MHC-I eiwitten zitten op elke kerndragende cel in ons lichaam. Zij plaatsen de antigene fragmenten op de celmembraan van de cel. Cytotoxische T-cellen herkennen dankzij het receptoreiwit CD-8 deze stukjes, ze koppelen aan de betreffende cel en vernietigen die. witregel MHC-II eiwitten zijn te vinden op de membraan van B-cellen, macrofagen en andere APC. T-helpercellen met CD-4 moleculen herkennen die stukjes van het antigeen die zitten aan het MHC-II molecuul op de APC. Vervolgens kunnen B-cellen worden geactiveerd om antistoffen te gaan produceren.