Zodra het embryo een veilige grootte heeft bereikt, kan er onderzoek naar eventuele chromosomale afwijkingen, zoals het syndroom van Down, worden gedaan. Ook bekende defecte genen kunnen worden geïdentificeerd.
Twee manieren van dergelijk prenataal onderzoek tijdens de zwangerschap zijn:
vlokkentest: weefselvlokken worden weggehaald uit de groeiende placenta. Deze vlokken bevatten celkernen met dezelfde chromosomen als het ongeboren kind. Dit onderzoek kan al in de achtste week van de zwangerschap plaatsvinden. De onzekerheid van de ouders is van korte duur.
vruchtwateronderzoek: onder plaatselijke verdoving wordt met een vruchtwaterpunctie wat vruchtwater opgezogen. In het vruchtwater zweven cellen van het ongeboren kind. Deze cellen zijn geschikt voor chromosoomonderzoek. Het onderzoek kan pas plaats vinden in de zestiende week van de zwangerschap.