De moderne biotechnologie maakt zoveel spectaculaire toepassingen mogelijk op alle terreinen van het leven van de mens, dat het begrijpelijk is dat de techniek ook veel discussie oproept. Er zijn mensen die tegen alle toepassingen zijn, op grond van hun levensovertuiging, zoals prins Charles van Engeland.Anderen wijzen vooral op de risico’s van het ontsnappen van genen. Dat zou per ongeluk of met opzet (bioterrorisme) kunnen gebeuren. Weer anderen zijn tegen alle experimenten met dieren.
Ook economische motieven spelen een rol. Wordt voedsel goedkoper dankzij biotechnologie? Is het toepassen van biotechnologie nu juist goed of slecht voor ontwikkelingslanden? Wie is de eigenaar van een met moderne technologie ontwikkeld landbouwras?