DNA micro-array (DNA chip) wordt gebruikt om te bepalen welke genen worden afgelezen onder bepaalde condities.
Kleine stukjes DNA van de te onderzoeken genen worden vastgezet op een glasplaatje. Op zo’n DNA-chip passen wel duizend genfragmenten. De chip wordt verhit waardoor dubbelstrangs DNA enkelstrengs wordt. Uit de te onderzoeken cellen wordt al het mRNA geïsoleerd en met behulp van een enzym dat RNA omzet in DNA (reverse transcriptase) omgezet in copyDNA (cDNA). Het wordt bovendien voorzien van een gekleurde label. Hierna wordt het op de DNA chip gebracht.
Als mRNA aanwezig is dat precies op de DNA chip past, zal het aan een van de twee strengen hechten. Je weet dan welke genen op dat moment actief waren in je monster.