Bij gelelektroforese worden de stukken DNA die bij PCR zijn gemaakt, zichtbaar gemaakt. Eerst wordt een gel gemaakt, waarin vervolgens het mengsel van DNA dat bij PCR gemaakt is wordt geïnjecteerd. Vervolgens wordt er elektrische spanning over de gel gezet. De stukken DNA bewegen dan van – naar +. De lange stukken zijn langzamer dan de korte stukken. Zo worden de stukken DNA van elkaar gescheiden.
Het zichtbaar maken van de DNA fragmenten gebeurt door middel van radioactieve nucleotiden of chemicaliën die aan het DNA binden.
DNA dat is gevonden op een slachtoffer kan zo worden vergeleken met het DNA van een verdachte.
Dezelfde techniek kan gebruikt worden om het DNA van een ziek en een gezond persoon te vergelijken en zo een erfelijke ziekte op te sporen.