In de natuur gaat organische stof over van het ene organisme in het andere, totdat reducenten de materie weer afbreken tot anorganische stoffen. Zo'n cyclische omzetting van stoffen door organismen heet een kringloop.
Voor elementen als koolstof en calcium zijn er korte en lange termijn kringlopen. Sommige stoffen kunnen gedurende lange tijd worden onttrokken aan de kringlopen. Calcium kan bijvoorbeeld langere tijd gebonden zijn in schelpen en in gesteenten. Koolstof is het belangrijkste element in aardolie, aardgas en steenkool. De korte termijn kringloop bevat de processen die betrokken zijn bij assimilatie en dissimilatie in voedselketen. Vooral de laatste 50 jaar oefent de mens grote invloed uit op de koolstofkringloop. Door het verbranden van fossiele brandstoffen wordt koolstof onttrokken aan de lange termijn kringloop en in de korte termijn kringloop gebracht. Dat proces heeft verstrekkende gevolgen zoals het versterkte broeikaseffect.
Kringloop van mineralen
Een plant neemt koolstofdioxide, water en mineralen op. Bij mineralen hebben we het over belangrijke stoffen zoals nitraat en fosfaat. In het schema zie je een overzicht van de kringloop van het fosfaat.
Een planteneter krijgt met zijn voedsel ook mineralen binnen. Hij benut deze voor zijn eigen chemische processen en opbouw van cellen.
Door hergebruik (recycling) blijven mineralen beschikbaar voor planten en dieren. Een plant neemt bijvoorbeeld calcium op. Een dier dat de plant eet gebruikt het calcium om zijn botten of zijn schelp te laten groeien. Het dier produceert uitwerpselen en gaat uiteindelijk dood. Het calcium in de uitwerpselen of dode resten van het dier, wordt vrijgemaakt door reducenten zoals bacteriƫn. Calcium wordt dan weer opgenomen door planten. Op deze manier circuleert calcium in een kringloop in de natuur.