Stikstofverbindingen worden in lucht, water en bodem voortdurend in andere stikstofverbindingen omgezet. Als je alleen naar de stikstof kijkt, kun je spreken van een stikstofkringloop, stikstof wordt steeds weer gerecycled. De stikstof die eerst nog in de lucht aanwezig was, kan later behoren tot het DNA van een mens en vervolgens weer worden afgebroken tot urinezuur. In het riool benutten urobacteriën de energie die nog in het urinezuur aanwezig is en maken er ammoniak van. Ammoniak kan vervolgens weer door andere bacteriën worden omgezet in bijvoorbeeld ammonium.
Elke groep bacteriën is gespecialiseerd in een bepaalde reactie. Zo kunnen in een bodem waar voldoende zuurstof aanwezig is verschillende soorten nitrificerende bacteriën ammoniumverbindingen omzetten in nitraat. De eerste groep, de nitrietbacteriën, oxideert ammonium tot nitriet.
De tweede groep, de nitraatbacteriën, oxideert nitriet tot nitraat (NO3-).
Als er weinig zuurstof in de bodem is, krijgen de denitrificerende bacteriën een kans. Zij leven namelijk onder anaerobe omstandigheden. Zij zetten nitraat om in N2. Zo kan de stikstof als N2 terugkeren in de lucht. Op die manier doorloopt het element stikstof een kringloop.