Een planteneter zet de stikstofhoudende stoffen in zijn voedsel (zoals eiwitten) om in stikstofhoudende stoffen die voor hem nuttig zijn. In sommige gevallen breekt hij ze af voor zijn energievoorziening. Bij die afbraak komen stoffen als ureum (NH2) 2CO en urinezuur vrij (C5H4N4O3). Deze stoffen worden uitgeplast.
Het ureum en urinezuur wordt vervolgens door urobacteriƫn afgebroken tot het gas ammoniak, NH3. De omzetting van organische stikstofverbindingen in ammoniak heet ammonificatie.
De ammoniak kan terecht komen in de atmosfeer of in het grondwater (in de vorm van ammonium, NH4+).
Het wordt in de grond direct opgenomen door planten of het kan door nitrificerende bacteriƫn omgezet worden in nitriet (NO2-) of nitraat (NO3-).
Dit heet nitrificatie. Organismen verbruiken dus stikstofhoudende stoffen om andere organische stikstofverbindingen zoals DNA, ATP en eiwit mee op te bouwen. Enkele groepen organismen kunnen anorganische stikstofverbindingen ook gebruiken om energie uit vrij te maken. Dit proces heet chemosynthese.