De ontwikkeling van een overkoepelende organisatie zoals de Europese Unie roept ook weerstand op. Besluitvorming vindt immers niet meer binnen de regio/land plaats, maar steeds vaker op Europees niveau. Referenda over de invoering van een Europese grondwet die werden gehouden in Nederland en Frankrijk illustreren deze weerstand.
Nederlandse kiezers stemden op woensdag 1 juni 2005 in overgrote meerderheid 'nee' tegen de Europese Grondwet. Volgens de officiële uitslag was 61,6 procent tegen en 38,5 procent vóór. De Franse bevolking had de Europese Grondwet drie dagen eerder verworpen.
Mogelijk hebben de komst van de euro, de stijgende prijzen en het verdwijnen van de nationale munt de nodige weerstand opgeroepen.
Dit soort onvrede heeft er in het voorjaar 2016 toe geleid dat de Britten na een referendum hebben besloten de EU te verlaten, de zogenaamde Brexit. Uiteindelijk duurde het nog vier jaar voor ze daadwerkelijk uit de EU stapten. Het Verenigd Koninkrijk heeft de Europese Unie verlaten op 31 januari 2020.