De gewelddadigste fase van de ‘Indonesische revolutie’ is de Bersiap tijd. Iedereen die er van werd verdacht de koloniale verhoudingen te willen herstellen, werd door de fanatieke strijdgroepen aangevallen. Niet alleen de Indo-Europeanen buiten de kampen waren het doelwit van de agressie, maar ook christelijke Indonesiërs en Chinezen.
In totaal kwamen in de Bersiap tijd zeker 3500 Indo-Europeanen en nog eens duizenden Chinezen en pro-Nederlandse Indonesiërs om het leven.
De Malino-conferentie vond op 25 juli 1946 plaats in Malino (eiland Sulawesie). Nederland stelt tijdens de conferentie voor om deelstaten in te voeren. Het idee houdt in dat Nederlands-Indië in de toekomst zelfstandig wordt, in de vorm van een federatie met verschillende deelstaten. Het plan is dat de federatie onderdeel blijft van het Koninkrijk der Nederlanden, met Koningin Wilhelmina als staatshoofd.
Soekarno krijgt met zijn republiek een eigen deelstaat met de naam 'Verenigde Staten van Indonesië'. Soekarno gaat niet akkoord met het idee. Hij wil eerst de volledige onafhankelijkheid van Indonesië realiseren in de vorm van een eenheidsstaat (geen federatie). Daarna wil hij pas nadenken over het behoud van een band met Nederland.
Onder druk van Groot-Brittannië sloten beide partijen in november 1946 het akkoord van Linggadjati, dat echter niet lang stand hield. Nederland erkende weliswaar het republikeinse gezag over Java, Sumatra en Madoera, maar handhaafde de zeeblokkade van de republiek.
Er bleven conflicten over het akkoord bestaan, ook vanuit de Tweede Kamer.