Met het wegvallen van de Filips II als soeverein hoofd van de staat kwam de soevereiniteit, de hoogste macht bij de provincies zelf te liggen. De buitenlandse politiek en militaire zaken werden gemeenschappelijk behartigd in de Staten Generaal.
Daarin hadden afgevaardigden zitting uit de gewestelijke staten/provincies. Verreweg de meeste politieke invloed hadden de Staten van Holland die verantwoordelijk waren voor bijna 60 % van de centrale overheidsuitgaven. Vandaar ook dat de raadpensionaris, de hoogste ambtenaar van de Staten van Holland een belangrijke rol speelde in de Republiek.