Urbanus II zetelde aanvankelijk in Clermont in Frankrijk omdat in Rome tegenpaus Clemens III regeerde (Investituurstrijd). In 1089 kon hij zijn intrek in Rome nemen nadat hij met hulp van onder meer Normandische legers de tegenpaus had verdreven. In 1095 had de paus een bespreking met Franse, Duitse en Italiaanse bisschoppen. Daar was een delegatie aanwezig van de Byzantijnse keizer Alexius met een verzoek om militaire steun van de paus. Reden was de Turkse bedreiging van het Byzantijnse Rijk en de bezetting van Het Heilige Land door moslims.
Urbanus II zag het verdedigen van Het Heilige Land als zijn religieuze plicht maar zag meer mogelijkheden. Ingaan op het verzoek van de Byzantijnse keizer zou het pauselijk gezag in de oosterse christelijke Kerk mogelijk herstellen. Bovendien zou hij als initiatiefnemer van de strijd tegen de moslims in aanzien stijgen en zou de eendracht vergrote tussen de rivaliserende ridders en vorsten. In 1095 predikte Urbanus II de Eerste Kruistocht tijdens het concilie van Clermont-Ferrand. In heel Europa werden mensen opgeroepen voor de Heilige Strijd. De uitroep ‘ Deus lo Volt!’ (God wil het!) bracht honderdduizenden mensen in religieuze extase en werd de strijdkreet van de kruisvaarders. Het aanzien van de paus steeg met de oproep tot bevrijding van het Heilige Land gestaag.