Een andere groep immigranten die naar de Republiek kwamen, waren joden die als slachtoffers van de Inquisitie of andere vormen van vervolging moesten vluchten. Joden uit Centraal- en Oost-Europa vormden al snel de grootste joodse gemeenschap in Amsterdam en Nederland.
Net als de katholieken hielden joden hun erediensten eerst in onopvallende kerken: in huissynagogen. Veel joodse immigranten werden welvarende kooplieden. In de loop van de 17e eeuw werd het toegestaan dat zij prachtige synagogen bouwden op centrale plekken in de steden.