In 1579 onderwierpen de Zuidelijke Nederlanden zich opnieuw aan Filips II. Ze waren het niet eens met de vervolging van katholieken door de protestantse opstandelingen in het noorden.
De Spaanse Nederlanden verenigden zich in de Unie van Atrecht. De Noordelijke provincies en de Vlaamse steden Antwerpen en Gent verbonden zich in de Unie van Utrecht. De strijd tussen de opstandelingen en de Spanjaarden begon opnieuw.
In 1584 liet Filips II Willem van Oranje vermoorden. Dat was een zware slag voor de opstandelingen. In 1588 besloten de opstandelingen dat het hoogste gezag in het land niet langer bij een koning of vorst moest liggen, maar bij henzelf. Dat gebeurde: de soevereiniteit, het hoogste staatsgezag, kwam bij de staten te liggen. Omdat de staten vertegenwoordigd waren in de Staten-Generaal werd dat de regering van het land.
De opstandige provincies werden zo samen de Republiek der Verenigde Nederlanden.